日本政府と「未知との遭遇」

まず宇宙船が日本上空にやってきたところで

未確認機の為空自が迎撃に向かうでしょう。
当然航空法に違反している可能性があります。

で、誰が対応するかと言うと
自衛隊機が出動しているので
「防衛庁長官」が対応するかもしれません。
しかし、航空法上の問題があるので
「国土交通大臣」が黙っているはずは無いでしょう。

また、国交を結ぶ意思表示があれば
当然「外務大臣」が名乗りをあげます。

ところが、宇宙人が病原菌を持っていたりすれば
「厚生労働大臣」がすんなり認めるわけには行きません。

さらに宇宙船の調査にロケット開発で失敗続きの「文部科学大臣」がやってくるかもしれませんし、宇宙船が排ガスなどを撒き散らしていたら「環境大臣」も文句を言いに来るでしょう。

ということで、「４.」になると思います。

あくまでもただの噂ですが、

２００２年４月に完成した新・首相官邸公邸を建てた理由は、建物の老朽化と危機管理体制の強化ためというのが表向きの政府の見解ですが、
実は旧・首相官邸公邸は時折幽霊が出没する幽霊屋敷であったため一新されたとう噂もあるようです。
ある意味、既に日本政府は未知との遭遇を果たしているかもしれませんよぉ？

宇宙人が日本政府に交渉を望むという事は、日本政府だけの前に姿を現すはずですから、自衛隊出動などというアメリカにバレバレの緊急事態などは最初から宇宙人側がつくらないでしょう。
そして日本政府が、宇宙人に何らかの利用価値（国益に絡むような）を見出した場合、極秘コンタクトにとどめるというのは鉄則になります。

なにしろ、現にアメリカ政府は、いわゆるUFO墜落事件といわれるロズウェル事件以降、極秘コンタクトや極秘調査やをやってのけながら、電磁波に関する科学技術を進歩させてきたのだという噂もあるくらいですから。

「仮定の問題には答えられない」と堂々と言う政府ですから、２ですね。

４の状態でアメリカに「ええい！俺がやる！引っ込んでろ！」となってしまうのがオチかと。

日本だけにコンタクトを取ろうと思っても、やはりアメリカが先に発見してしまうのではないでしょうか？また隠し通せるとも思えません。

ここは素直にアメリカにおんぶに抱っこでしょう。いくらパフォーマンス好きの首相でも手に負えないと思います。公表するか否かは目的次第では？