監査法人

かつて、監査法人にいた者です。

監査法人というのは、公認会計士の集団です。
主に、証券取引法や商法で会計監査を受けるべく定められた会社の監査を行います。
国立大学でも同じようなことをやるのでしょう。
現預金の残高チェックからはじまって、納付金収入や支出などの計上をサンプルベースでチェックしたり、内部統制の状況についてのヒアリングをします。

3ヶ月もの間、毎日監査にやってくるということはないでしょう。
監査法人によってやり方は違いますが、決算月前までは平均して月に1日程度のペース。決算が締まってから（5月くらい？）、2週間から3週間くらいやってくるのではないでしょうか。
国立大学にどのくらいのマンパワーを割くのかわかりませんが・・・。

一般的に、監査を受ける側の人間は気持ちの良くないものみたいです。