役員賞与の領収済通知書の書き方

いろいろ指摘する点がありますが、まずは回答を。

１月から事業を開始していると仮定
納期の特例を提出している仮定
納期限の特例は提出していないと仮定
１～６月分は数千円納付している。（仮に５，０００円）

７～１２月賞与の欄に２５０，０００と記入。
源泉は０円。
年末調整による超過税額に１～６月分の５，０００円を記入。
合計額に０円
摘要欄に「翌月に繰り越して還付する金額　５，０００円」と記入。
で問題ないかと。
～納付書～
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝　　　　　　　　　　　　　　　　　　
役員賞与欄　１２月○日　１名　　２５００００　　　　　０

　　　　　　　　　　　　年末調整による超過税額　５０００
　　　　　　　　　　　　　　　　　合計額　　　　　　　　　　　０
　　　　
　　　　摘要　　
　翌月に繰り越して還付する金額５，０００円

＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝


次の７月に１～６月までに６，０００円の源泉があった場合には
納付書の年末調整による超過税額に５，０００円と記入し
合計額は１，０００円となります。

恐らく個人から法人成りされたのでしょうか。役員給与や賞与に対して基礎控除などは無視してもらって結構です。
源泉所得税額表がありますのでそちらをみて源泉を引いてください。
また、納期限の特例を提出（納期の特例と同時に提出している場合が多い）していれば納期限は１月２０日になりますよ。

あと、質問とは関係ないですが役員報酬は定期同額給与でないと損金算入されません。変更は期首より３ヶ月を目安にしてください。
今回はすべて役員賞与として処理されていると思いますので、申告書作成時には別表加算するようにして下さい。
役員報酬を増額させているようなので少し事業が軌道に乗ってきたのでしょうか。これから事業が拡大してからではなかなか経理まで手が回りませんので、このタイミングで一度、税理士に経理指導を受ける事をお勧めします。

余りにも知識が欠如されていますので心配になって書き込みました。

>基礎控除が３８万円あるので、納税額は０円になるのかなと
考えていますが、間違っていますでしょうか？

●給与等の源泉徴収事務の仕方を良く確認してください。
　まるで考え違いです！
　１２月分までの源泉税につき税額の有無に拘わらず「年末調整」
　事務をする必要があります。
　その結果を受けて「・・・・徴収高計算書」を作成します。
　納付税額０円でも提出義務があります。
　
＞その場合、領収済通知書の役員賞与の
　支給額の欄に２５万円と記入し、税額の欄に０円と
　記載することになりますが、あっていますでしょうか？

●役員報酬は一番上段の「俸給・給料等」の欄に記載します。
　一番下の「役員賞与」欄ではありません。
　記載の仕方の問題より、役員報酬は原則経費にならないと思って
　ください。これが経費になるには法人税法の「定期同額給与」の
　規定に従って支給されている必要があります。
　＊定期同額給与については下記URLをご参照。

●会社を始められたのですから、会社を取り巻く税法その他の法規に
　ついてしっかり勉強してください。
　相手は法律ですから「知らなかった！！」では済まされません。
　ご自分の事はご自分で守ってください。
　少し、無防備過ぎます。

参考URL：http://www.nta.go.jp/taxanswer/hojin/5209.htm

「源泉所得税の納付書兼所得税徴収高計算書」が云われてる領収済通知書の正式名称でしょう。

給与等を幾らしはらって、幾ら源泉徴収をしてるかの計算書を税務署に提出する必要がありますが、計算書の提出と別途納付すると手間が二重なので、納付するのと同時に計算書が税務署に届くようになってるわけです。
支払金額から社会保険料を引いて、、というのは「源泉徴収税額の計算」で行うもので、その結果は源泉徴収税額に反映します。
この「計算書」にはそのような控除をせずに「支払った額」を記入します。
ここに記入する支払額は、決算書に出る「給与等の支払額」に合致します。
記入する際に基礎控除額を引いてしまうのは、間違いですね。
なお、領収済通知書は「納税額を受け取った金融機関」が税務署に「納税額を領収しましたので通知します」という書類です。２枚目が金融機関控え、３枚目が納税者控えになります。