鳥インフルエンザウイルスと豚インフルエンザウイルスの間には進化論的関係がある？

他の亜型と比べるとＨ１とＨ５は近い関係にありますが、ＨＡ遺伝子については、抗原性すら違うのでかなり古い時期にわかれたはずです。

NA遺伝子だけにしぼって答えさせていただくと、関係はありますが、現在流行しているH5N1鳥インフルエンザウイルスのN1(NA遺伝子)が進化してH1N1新型インフルエンザウイルスのN1になったわけではありません。

共通の祖先があって、それぞれ違うように進化してきたものが現在のH5N1ウイルスのN1とH1N1新型ウイルスのN1です。
例えれば、ニホンザルとヒトは同じ霊長類ですが、ニホンザルからヒトに進化したわけではなく、共通の祖先から進化した、というのと同じ感じです。

ただ、インフルエンザウイルスは分節型の遺伝子を持っており、抗原シフトを起こして今後、H5N1鳥インフルエンザウイルスのN1がヒトインフルエンザウイルスに導入される可能性もなくはないです。

>H5N1型のRNAの一部が変化してH1N1型になったとか、

たぶんそういうことだと思います。以下など参照。ある程度詳しく書いてあります。

>インフルエンザウイルスが変異を起こしやすい理由は、他のウイルスと異なり突然変異のメカニズムを二つ持っているためである。このメカニズムはそれぞれ連続変異、不連続変異と呼ばれる。
連続変異 [編集]

連続変異（抗原連続突然変異）は、抗原ドリフトとも呼ばれ、ウイルス核酸が一塩基単位で変異を起こすものである。これは、一般に言う遺伝子の突然変異と同じ機構であり、インフルエンザウイルスに限らず、他のすべてのウイルスにも共通に見られる現象である。一般に、このメカニズムによる変異はDNAウイルスよりもRNAウイルスの方が出現の頻度が高い。これは、ほとんどの細胞にはDNAに異常が生じた場合の修復機構が備わっており小さな変異が修復されやすいのに対して、RNAには修復機構が存在しないためであることに因ると言われる。インフルエンザウイルスはRNAウイルスであるため、この機構による突然変異の頻度が他のRNAウイルスと同等に高い部類に属する。

連続変異によって生じる変異は、ウイルスタンパク質のどれか一つにおいて、一つのアミノ酸が変わるなどの、比較的小さな変異であるため「ウイルスの小変異」とも呼ばれることがある。A型インフルエンザウイルスでは、同じ亜型(H1N1や、H3N2など）の内部における、変異株の違いに相当するが、変異が起きた部位がたまたまウイルスの感染性や毒性に関わる重要な部位である場合にはウイルスの性質が大きく変わる。また、小さな変異が積み重なった結果としてウイルスの抗原性が変化すると、従来のウイルスに対する抗体と反応しにくくなり、これが新型ウイルスの流行を起こすきっかけになる。
不連続変異 [編集]

不連続変異（抗原不連続突然変異）は、抗原シフトとも呼ばれ、A型インフルエンザウイルスなど分節した遺伝子を持つウイルスのみに見られる突然変異の機構である。異なる亜型のウイルスが一つの細胞に同時に感染すると、細胞内で合成されたウイルス遺伝子やタンパク質が集合するときに混ざり合い、結果として元のウイルスとは異なった組み合わせの遺伝子分節を獲得した「合いの子」のウイルスが新たに生じる。例えば、H1N1とH2N2が同一細胞に感染すると、不連続変異によって理論上はH1N1, H2N2だけでなく、H1N2, H2N1という新型ウイルスが生まれることになる。

参考URL：http://ja.wikipedia.org/wiki/インフルエンザウイルス