会社名と商標について

商標登録とは「会社名」や「商品名」や「サービス名」などを登録して真似されない様にするものです。

一文字でも違えば登録出来ます。
真似や誤解されないためには、紛らわし名前を全部登録する必要が有ります。
「味の素」「味の元」「味の本」などが紛らわしい例です。

ロゴや形（かたち）などを登録するには「意匠登録」に登録します。

これらは「工業所有権」と言い「特許」「実用新案」「意匠登録」「商標登録」が有ります。

登録すると毎年「登録管理料」（名前は正確ではありませんが）なるものを支払う必要が有り、貧乏会社では簡単には多くの登録をすることは出来ません。

まずは後段につきまして・・・

商標は、会社名が商標でもあるという場合もあります。
例えば、パソコンのOSで有名なMicrosoftは、会社名であるとともに、商標でもあります。

次に、前段につきまして・・・

> ABC　が商標登録されていても、まったく関係ない様な
> 別の会社が、「ABC株式会社」と登記していたりします

「まったく関係ない」ので、かえって合法です。
登録商標は、登録された商品・サービスの区分においてのみ独占できますので、まったく関係のない商品・サービスにまでは効力が及びません。
ですので、そのＡＢＣ株式会社の事業が、登録商標ＡＢＣの登録区分と全く関係のない分野であれば、問題は生じません。
ただ、その「ＡＢＣ」が有名ブランド名だったりすると、別の問題が生じる恐れもございますが・・・