iphoneとituneの同期がよくわかりません？

＞例えば、解像度の高い大きな写真はパソコンで、小さな写真はアイフォンの壁紙用でとか。

小さな写真は、アイフォンに移してしまえば、パソコンでは不要なんです。

どうでもいいけど補足。
iPhone側に転送される際は、画像データそのままではなく、iPhoneに最適化された状態（縮小？）で転送されます。

それから、質問者様はガラパゴスケータイ風の取り扱いをご希望のようですのでiPhoneは向いてないようですね。
私もiPhone以前はガラパゴスケータイを利用していましたが、正直なところ、ケータイ用に縮小した画像をPCから転送したり、そのためのバックアップを専用フォルダを作って保存したりとうっとおしいことこの上ありませんでした。

一部だけ同期っていうのは、PCとiPhoneのスペック差（容量）を考えれば当然のことで、プレイリストやアルバム単位で同期させるiTunesの方法は非常に使いやすいと思います。

もうあとは慣れの問題でしょうから、無理ならあきらめて売り払ってガラパゴスケータイなりWindozeMobileなりを利用されてはどうですか？

>ituneが原本で、iphoneがコピーと考えていいんでしょうか？

基本的にはそうです。
パソコン側のiTunesが母艦で、それを持ち歩くのがiPod/iPhoneです。

ただ、iPod touchやiPhoneではそれ自体でネット接続したり
カメラで撮影したりして音楽やアプリ、画像等を追加出来るので、
そうしてiPod/iPhone側で追加されたファイルに関しては
パソコンとの同期時にiPod/iPhone側からパソコン側に自動または手動で
追加されますし、その他カレンダーなどのアプリで変更された
情報も同様にiPod/iPhone側からパソコン側へ同期されます。
もちろんあなたがそうならないようにしてない限り、の話です。

ですから、

>iphoneで追加した情報、たとえば写真などを撮った後、ituneと同期すると追加分だけ消えてしまうことになるんでしょうか？

なりません。

>状況によって、itune”に”同期する、iphone”に”同期するという設定はないんでしょうか？

設定するまでもなくそうなります。

>写真の例で言うと、カメラロール以外に壁紙用写真Aを入れていたとします。
>このほかに別の壁紙用写真Bを入れたいとします。この場合同期するとAは消えてしまいますよね

消えません。

>PC側でAというものが残っているなら別ですが、Aを削除してしまった場合、iphoneのAを残してBを入れる方法はありませんよね？

パソコン側であなたがAを削除した場合、と言う意味ですか？
だとしたら何故残したい物を削除するのですか？
あなたが自分で削除しなければ残るはずです。

実際にiPhoneで追加した画像などが同期で消えてしまっているのですか？
そうだとしたら原因は「あなたがそうなるようにしているから」あるいは
「あなたが何か根本的に思い違いをしているから」としか言えません。
普通に使っていればそうはならないはずです。

>iphone上で単独でファイルを削除できないというのが何とも不便でしょうがありません。

iPhoneで撮影した画像等に関してはiPhone上で削除できます。
音楽ファイルに関しては、最初に書いた様に、「iTunesが母艦である」と言う事です。
iPod/iPhoneはあくまでもパソコンの周辺機器であり、パソコン上のiTunesで
管理／保管している音楽や動画丸ごと全部、または一部を持ち歩くものです。
iPhoneとiPod touchはそれに自力で出来る事がプラスされているので、
iPhone/touch側からパソコン側へ、と言う部分もありますが、
基本的な概念は同じです。

>ituneは非常に使いづらいのですが、こういうものなんでしょうか。

問題は、単にあなたがiPhoneとiTunesの使い方、設定の意味を理解していない事でしょう。
他のアプリや機器ではこうだった、というだけの根拠で、それと同じ操作で
同じ動作をする事を期待しているのであれば、それが間違いです。
「この場面ではこの操作でこうなるべきだ」
「この方法でこれが出来るべきだ」
といった思い込みがある人にとってはiTunesとiPod/iPhoneは非常に使いにくい物になるようです。
ここでの「分からない」「使いにくい」という内容の質問の大部分は
そうやって思い込みだけで操作しようとしている人からのものです。

他人にどう言われても「使いにくい」と思う事はしょうがないので、
いざとなったら売り飛ばしてさよならも選択肢の一つです。

ituneではなくiTunesです。

＞ituneが原本で、iphoneがコピーと考えていいんでしょうか？
概ねそのような解釈で良いと思います。

＞この場合、iphoneで追加した情報、たとえば写真などを撮った後、ituneと同期すると追加分だけ消えてしまうことになるんでしょうか？
カメラロールに入っている写真は、iPhotoなどので読み込むさいに、削除指定しない限り消えません。

＞状況によって、itune”に”同期する、iphone”に”同期するという設定はないんでしょうか？
＞ituneは非常に使いづらいのですが、こういうものなんでしょうか。
何と比較していらっしゃるのかわかりませんが、同期する度にどっちかの内容で上書きさせるようなことを設定しないといけないようなソフトがあるならそのほうがよっぽど不便だと思います。
個人的にはかなり使いやすいと思います。

iPhoneを接続した状態で、デバイスのiPhoneを選択して情報タブをよく確認されたほうがよろしいかと思います。