テンプレートの有効性について

宜しくお願いいたします。

例えばヘッダーやフッター、ナビゲーション部分など全ページに共通する部分がありますよね。
普通はそれらは一箇所（フレームやテンプレート）で構成させ、後はそれらを呼び出して各ページを作る、
後々の更新を考えても、これがもっとも効率の良いWEBサイト作成といえると思います。
しかし一方で、このことによるデメリットを教えてください。特にテンプレートについて興味があります。

例えばフレームでサイトを制作する例では、ロボット検索はフレームまでしか読み込まないためSEOでは不利と聞きます。
テンプレートは同じようになるのでしょうか。
「SEOで弱い」のであれば、テンプレートは使用せず、
ページごとに地道に作るほうが◎かな、と思ってもいます。ただ、お答えをいただいてみないと分かりません。

テンプレートを呼び出した場合、制限されてしまうことはないでしょうか。
一例ですがテンプレートがすでにHEAD内を固めているので、そのページ内ではもうHEADが書き換えられないなど（？）。
素人なので一例を出すのが下手ですが…^^;
要するに一例ですが、つまり“何かが固定される”→“やってみれば意外と使いづらい”とかはありますか。

その他、テンプレートでのデメリットを教えてください。

また、上級者の方は、やはりWEBサイト制作はひな型を呼び出して作られているのでしょうか。
1ページごとに作られている方は稀ですか？

参考までに私はDreamweaverMX2004です。
宜しくお願いいたします。