同人誌業界はマンガ業界のインディーズといっていいんでしょうか？

インディーズというのは、インディペンデントを意味しており、メジャーの対立概念として存在しますので、メジャー無しには存在し得ません。

アマチュアって意味じゃないんですよね。

音楽の世界でも、海外で言えば４大メジャー（ユニバーサル、ソニーBMG、ワーナー、EMI）以外はインディーズ扱いとなり、案外有名なアーティストだってインディーズだったりします。有名どころで言えばオアシスなんかそうでしたね。
日本の場合にはレコ協に加盟していればメジャー扱いですのでもう少し幅が広いですが、結局の所「メジャーではない」という意味である事は共通しています。
つまり、インディーズという言葉だけで括るのは無理がある訳です。
特に９０年代半ば以降、インディーズシーンの盛り上がりと共に売上も伸びており、かつてのようなメジャーへの足がかり的役割だけでなく、それ単体でも充分ビジネスになるような市場が出来上がりました。ダイキを始めとする全国流通網が出来た事やタワーなどインディーズを積極的に扱う外資系ショップが主流になった事も大きい。プロとしての活動の場がメジャー以外にも広がったのです。アルバムで200万枚売り上げたモンゴル800、インディーズ初の100万枚越えを果たしたハイスタ、彼らをアマチュアだなんて言う人はいないでしょう。他にもインディーズでのリリースしかないにも関わらずしっかりとした地位を築き上げているアーティストは沢山います。

インディーズがプロとアマチュアの中間的な位置というのは間違いではありませんが、先述の様にそれは「メジャーではない」という点でしか語れませんのである意味当然であり、それ以上の意味は無い様に思えます。

では、漫画の世界はどうか？
商業誌と流通が異なるという意味では似ているのですが、いまだに非常にクローズドな世界である点はかなり違います。インディーズのCDはメジャー作品と同様に扱われることが多くなっており、その垣根はもはやジャンル程度の違いでしかありません。しかし同人誌は商業誌とは全く異なるマーケットで成立しており、両者ははっきりと区別されます。
例えば、学校帰りにインディーズとメジャーのCDを同じショップで買って帰るのは普通ですが、同人誌と商業誌を同じ書店で買うのはかなり難しい、という感じです。
漫画というものが雑誌で連載される事が基本にあるというのも影響しているのでしょう。
多分、もっとも大きな特徴は二次創作やアダルトなど法的に危険な（あるいはアウトな）作品がメインであるという点ではないでしょうか。もちろんオリジナル作品も少なからずある事は否定しませんが、大多数の作品が二次創作であることは事実でしょう。インディーズがメジャーの横にある世界だとすれば、同人誌は商業誌の裏にある世界、という感じです。
同じ土俵ではない、と言った方が分かりやすいでしょうか。

同人誌業界でも、オリジナルをメインとし、且つ大手書店でも普通に流通させられるような存在が出てくれば漫画業界のインディーズと言えるんでしょうけれど、それじゃ単に小さな出版社というだけかもしれませんね。

自己顕示欲の塊と言えばどちらも似たようなものですよね。

インディーズの(特に外国では)バンドとかは、抑圧された日常に反発するような形で活動したりしてますし・・・。宗教を蹴り飛ばすような格好や、鳥や小動物を殺したりなど・・まぁ全部ってわけじゃないですが。
　さて、マンガも似たような側面がありますね。パロディは「自分の好きなキャラクターがこんな事をしてくれたら嬉しい」とか何とか。
　そこで妄想として生まれるのがホモとかエッチマンガでしょう。
　最も商売としてこういう本を作る人も多く、全くの自己顕示～だけでは済んでいないような気もします。イベントに出て、スカウトを待つ人とか。サイドビジネスから生計を立てる手段になってる方まで、様々です。
　インディーズ、とマンガは言い切れないですと、私は勝手に思ってますが・・・。　

同人誌＝インディーズ、で成り立ちます。

ポップ・ミュージックの場合、インディーズは自主製作
のコトです。プロだと、レコード会社が製作費用を払い
ますから。（スタジオ代金から、スタッフ達、バックの
人達の人件費）（そして宣伝費用）
～西洋では、インディーズというと、弱小レコード会社
　の意味もある。日本人にはこれをゴチャ混ぜにしている
　人もいます。
ここでは漫画の事をお聞きなので、ポップ音楽のインディーズ
はここまでデス。
９８年だったと思いますが、コミケット主催者の米沢さん
（と思う）が、同人誌はもう閉じられた世界になってしまっ
たと雑誌にお書きでした。昔は同人誌で何か商業誌に出来ない
事が出来るんじゃないか？という夢みたいなモノがあった、
とか。所詮、幾ら同人誌で売れたところで、発行部数からして
商業誌には太刀打ち出来ない。同人誌で売れるのはいわゆる
アニパロが中心。これは同人イベント主催者から。９８年東京
での同人誌のパンフで、同人誌のオリジナル・ジャンルでこう
もファンタジーが多いのは、突っ込みが怖いからだろうという
お便り。外国を舞台にした所で、海外なんてその２０年程前から
普通に行くようになった。それで、ココは違いますよっていうの
が入ってくる。
そしてファンタジーでつじつま合わなくても、ファンタジーだか
ら…で済んでしまう。登場人物もヒットした小説や漫画・アニ
メのキャラクター転用みたいなモノが多い。
高河ゆんという、同人誌から商業誌へいって有名になった人
のインタビューで、【同人誌で人気があったからと言って、
商業誌に移ってきても、同じようにはいかないんですよ】。
商業漫画で生活しようと思ったら、単行本が出ないとダメ
でしょう？アシスタント代金はかなりかかるらしいし。
同人誌からデビューして３年後、どの位の人が残っている
のか？と考えたら、多分３割そこいらじゃないか？と。メ
ジャー誌程描きたい作品を何年も描かせて貰えないんです
し。（これで嫌気が差して止める人って多いんじゃないか
？と）

個人的にはプロ・アマという表現より、「職業」か「趣味の延長線上」かの方が近いような気がします。

音楽界・インディーズの活動は「名前を知ってもらうこと」「売れること」が目標にあると思いますが、同人誌業界では活動の目的や範囲が人それぞれ大きく異なっていますよね。
ご質問文にあるように、趣味で満足する人もいれば、夢は大きく漫画家デビュー！な人もいるし、逆にデビューしていても同人誌やってる人もいますよね。この業界で生活収入を得ている人もいれば、非営利で活動している人もいる。まさに「自由」、年齢制限もないです。

あえて決まった位置づけがない「あいまいさ」があるからこそ、商業的にも非商業的にも双方の成立が可能な「特殊な業界」に成長した、それが同人誌業界だと思います。

回答しておきます。

以前に比べて、商業誌の敷居が高くなってきたため、限りなく同人誌に近い漫画もあれば、専門的な漫画誌というものが増えてきたように思います。

元々、同人誌というのは大学・高等学校の漫画研究会などのサークルで発行される書籍群だったり、地域性や仲間内で発行される書籍群で始まったような気がします。その後、バブル期の頃に、有名漫画の独自版などを発行する同人誌が出てきて話題を集めていたような気がします。

その後、小さな印刷店やＤＴＰなどの進歩によって、個人的に発行される同人雑誌というものも存在しており、現在は書かれているインディーズ的なものから、本当に純粋に漫画というものを書いてみたい、読んでいただきたいというだけのために発行されているものがあり、それこそ千差万別の状態と言えるでしょう。

特に類型的に分類すれば、インディーズ的な全国区の同人誌もあれば、本当にサークル内の同人誌も存在します。全国区の同人誌から、不定期間や季刊を経て、月刊になった雑誌も存在しているようで、夜中のローカル局のアニメの原作にもなっているものが多いようです。

一番手っ取り早いのは、丁度「ＳＦ小説」や「ミステリー小説」などがたどった道が近いのかも知れません。初期には、天才型の個人が書くＳＦ小説が存在し（海野十三、江戸川乱歩など）、その後「ＳＦ雑誌」や「ミステリー雑誌」が生まれ、ＳＦの同好会やミステリーの同好会が生まれ、それが全国区になった。全国区の同好会では、収容しきれないほどの作品が生まれてきたため、分科会のようなものが生まれ、各「テーマ毎」や「目的毎」に、同人誌が生まれた。そして、同人誌と呼ばれる作品群の中から、大手の出版社の編集者の目に留まったり、プロの小説家などの弟子として作品を制作するアシスタント（調査アシスタントと呼ばれる人で、小松左京のクンタ・キンテなどが有名）からプロデビューしていった作家が居るという具合かも知れません。

そんな意味では、漫画に関しては、田川水泡などの天才型漫画家が最初に存在し、その後長谷川町子、手塚治虫などの先駆者を経て、石森章太郎、藤子不二男などのストーリ漫画家や赤塚不二男などのギャグ漫画家、そして、ストーリーと原作を分ける分業型の最近の漫画へと進化していったのだろうと思います。同人誌の場合にも、それらに原作を求める場合もあったり、逆に原作を提供するなどの関係で、現在は位置づけられているため、どちらともいえないのではないか？と思うのです。

では。