Illustrator CS3で・・・

Macのシステムフォルダに入っている初期設定フォルダにIllustratorの初期設定ファイルがある←《他からの抜粋》

Ｍａｃはよく分からない（Ｗｉｎｄｏｗｓなので）ですが、ここに「基本ＣＭＹＫ」や「基本ＲＧＢ」のファイルが無いですか・・・？（ファイルから開くと通常の画面がIllustratorで開きます）
このファイルをIllustratorで開いて同じ設定をして保存（念の為に他の場所にコピーを保存してから試して下さい）。
初期設定ファイルを変更しなくても、フォントの設定を変更した「オリジナルの初期設定ファイル」として一旦保存して、作業後に別名保存すれば、ファイル＞最近使用したファイルを開くかスタートアップスクリーン（ヘルプ＞スタートアップスクリーン）内の最近使用したファイルを開くで、何時も同じフォントファイルが使えます。

ファイル＞新規＞ＯＫ＞ウィンドウ＞書式＞文字スタイル＞文字スタイルパネルの右上の小さな三角をクリック＞文字スタイルオプション＞基本文字形式＞フォントファミリで希望の書体を選択＞ＯＫ＞ファイル＞別名で保存＞適当な名前＞保存。

次回からこのファイルを開けば希望の書体が最初から使えます。
通常の新規ファイルで何時も希望の書体を使いたいなら「初期設定ファイル」を開いて、同じ設定をして「上書き保存」。