自作ｐｃ　ＢＴＯパソコン

はい、そのとおりですね。

DELL、HP、などBTOと言うよりほとんどメーカーPCですね。
興味があるならBTOから自作って手もあります。
まず本、特にウエブなど自作を検索したら
沢山あります。
こんなのも登録してレビュー読むのもhttp://www.coneco.net/
結構面白いです。
勉強と言ううより読んでいる時、面白い、楽しいと感じたら
自作に向いていると思います。
だが、自作のメリットは楽しさ。
安くなると思ってはいけません。

一番いいPCは自分の目的に合わせて自分が選んだパーツで作ったパソコン。
その次がBTO（本当の意味でBuilt To Order）

私はBTO専門のSYCOMがいいと思います。
全てのパーツが市販のもので、パーツ、メーカー、種類など選べますから。
ちなみにマザーボードも。
だがマニアックなものは無いです。理由は、問題が発生しやすいからだと
マイコミジャーナルで読んだことがあります。
個人的普通だと思いますがそこは値段がちょっと高目のいイメージがあるようです。
それなりに高品質パーツ、素晴らしい配線。
私自身おせはになった事があるので、少なくとも当時（二年前）は非常に
満足しました。

最近激安モデルもあるそうです。
激安は響きが良くないですね。
今までの良い評判に悪い影響がなければいいのですが。

> どうもマザーボードなどのメーカーなどが選べません。

ドスパラでもパーツのメーカー指定は可能です。

ただし、パソコンを注文する WEB ページでは、
そこまでのカスタマイズは用意されていませんので、
ショップへ出向いて注文するか、直接電話をして相談して下さい。
もちろん、標準パーツと差額が発生すれば支払額は変わります。

http://www.faith-go.co.jp/pc/desktop/?v=1
此処はそんなものもあると思いますが？。
普通は殆どマザーは選択出来ないのが多いです。
私の感想ですがドスパラは一寸苦手ですね。
http://www.unitcom.co.jp/
これは同系列の会社です。

自分の欲しいパーツを選んで、パソコンショップで組み立てて

もらえば、BTOパソコンと同じ事になりませんか？

＞細かいところまで指定できる

その時点で、自作だと思うのですが・・・

例えBTOでも、１００％完動するわけでも、不具合が無いわけでもありませんし、最後まで使い回しが出来るのは結局「モニタとケースのみ」だったり・・・
また、DELLなどは、OSが正規版ではなく、「その機種にしか使えない」リカバリディスクですので、後々の拡張・パーツの入れ替えを考えると選択しない方が良いかと思います。

最初から自作で問題ないのでは？（多少の勉強は必要ですが。）