神社のボールペンがよく盗まれます。

物理的に防止は困難です。

（お金が掛かる）

なので心理的に防止するしか無いんですが、質問者さんのメッセージでは「神様なんかいね－よ」と言う人には効果が無いので、この様なお札的な物を自作して縮小コピーでボールペンに貼り付けるのはどうですか？
http://www7a.biglobe.ne.jp/~zyudouin/sub51.html
Ｇ－６など簡単そうですね。
漢字の部分が見えないですが「急（左側に口が付きます）急如律令」ですので自作は簡単ですよ

セロテープや透明なシール等で貼り付けると簡単に派がされないです。
その方が心理的に「気持ち悪い」と思いますよ。

まあ一本１００円もしないボールペンにお金を掛けるのもばかばかしいですし、かといってこのまま盗まれるのも何だかシャクに触りますよね？

なので、ダメ元、実験でその様なお札を貼るのを試して見たらどうですか？
何の気なしに盗む人でしたら「気持ち悪い」と感じると思いますよ。（特に神社ですしね）
最初から盗む目的の人には効果は？だと思いますが。

昔似たようなケース（その時はイタズラでした）で、同じ様な心理的な抑止効果を狙って、防止効果を上げた事が有るので。
その時は「目」を書いただけですが。（場所や土地柄を考えてです）
（１００％では無かったですが、抑止効果は有りました）

気が向いたら試して見て下さい。

防止策は全くありません。

「盗難が相次いでいるので、筆記具は各自でご持参下さい」と掲示するしかないでしょう。

最近では危機意識もさることながら、人々に罪悪感や良心などありません。
これは若い人だけではなく、その親や祖父母の年代にまで広がっています。
このような人々が、他人に対してクレーマーとなったり、簡単に傷つけたりします。
スーパーなどでは試食品が無いことにクレームを付けたり平気ですし、試供品をポケット一杯に詰め込むのも平気でします。
買い物もせず、毎日やってきては持っていくという犯罪行為も平気です。（試供品でも常識を超えれば犯罪になります）

持って行く人に罪の意識など全くありません。
罪の意識が無いのだから注意書きなど全く効果がありません。
神に詣でると言っても、自分の我がままを願うだけ。感謝などしません。神は神ではなく、従者ぐらいの認識なのです。
例え願いが叶っても、それは当然の事だと考えるでしょう。
だから、神が罰を与えるなんて考えないし、罰を与えれば「なんだいいこと無いじゃないか。やっぱり神なんか居ない。信仰なんて詐欺行為だ。使った賽銭返せ」としか考えないでしょう。
この傾向は質問サイトやブログ。ニュースなどをみれば判るはずです。
逆に、自分の好き嫌いをマナーと称したり、根拠も無いことをマナーと称したり、自称マナー講師のデマを信じてしまうのも最近の傾向です。
持って言った人を責めても「どうせ放置したものでしょ」「廃物利用なんでしょ」程度の言い訳をするのがオチでしょう。
わざわざ用意したと言っても「だったらちゃんと管理しなさいよ」と逆切れされるだけです。

記帳簿は個人情報でもあります。なので、個人情報を守る点から記帳簿を備えない寺社も多いです。
あえて対策といえば、社務所において記帳してもらうか、カード式にする。（最近葬儀の時の記帳もこの方法が増えてきています）
或いは名刺などを入れる箱にするなどしか方法はありません。

> 紐で括っておくのは僕も考えたんですが中々を括りつけておく場所がないもので苦労しています。

記帳用の紙を押えておくための文鎮を置き、そこに括っておけばどうでしょうか？
単に置かれているだけでは、無意識のうちに何気なく持っていかれてしまうことも往々にしてあります。
そのうえ「どうせボールペンだし」といった感覚でわざわざ返しに来ることも少ないでしょう。
持ち出しできないようにがっちり何かに括り付けていなくても、文鎮程度のものについているだけで、こういった無意識のうちに持っていってしまうというケースは防ぐことができます。
まずはこのレベルから対応してみてはいかがでしょうか

盗まれないようなしょうもないボールペンでも置いておけばいいのでは？

ボールペンの柄をガジガジ囓っておくとか

さもなくばアロンアルファーとワイヤーで括り付けておきなさい

神様なんて見てるわけねーから効果はねーよｗ

それとも神様がお許しになっている行為なのであなたも許してやったらどう？とでも言ってあげようか？

手っ取り早い方法ならひもをくくりつけて外せないようにするとか、

手の込んだ方法であれば監視カメラを付ける方法とか。
カメラのダミーでも効果はあると思います。
もしかしたら「御利益もらえるかも」と持って行ってしまっているのかもしれませんね。