ＪＲは四国の合コン等では人気企業？ＪＲ四国の男性はモテるのでしょうか？

俺は東京の人間で、四国の人間ではないので、アドバイスという形になります。

まず失礼ですが、四国というとあまり大手企業がない印象があります。
（多分、大手メーカーの工場等はあるかと思いますが・・・）

そして、大卒時の就職活動は技術系だったので、どの企業が学生に人気がある＝将来性がある＝もてるんだろうな（？）というのは分かります。
JRは、「まあそれなり」って感じですね。
特別すごい企業でもないし、かといって二流でもない、って感じでしょうか。
そういう意味では、「四国では他にめぼしい企業がない」という（印象ですが）ことから、JRが引き立ってみえるんだろうな、って感じます。
前述の「大手メーカーの工場」があったとしても、”工場”に採用されてる人も結構いるので、一流大卒のエリートなのか、そうでない方なのかは見極めしにくいと思います。
大手メーカーの本社採用で工場勤務なら一流大卒が普通ですが、工場採用だと高卒採用もあります。
大手メーカーでも、工場となると、若干かすんで見えると思います。

「JRの総合職」なら、それなりの大学卒であるのは見えますので、無難な選択だろうなというのは見えます。

東京だと、ソニーやパナソニック等の大手メーカー、自動車メーカー、業界関係等、誰もが知っている有名企業勤めはあちこちにいるので、（上記は、自分の大学の同期の就職先例です）ＪＲくらいでは特別に目をひくことはないですが、四国だと違って見えるんだろうなという印象はあります。
四国の女性が皆、「狭い地元で優良企業勤めの男性を見るようとする」わけでもないと思うので、皆が皆群がるとは思いませんが、やはり自然ともてる方にはなるのかも知れませんね。

人を会社や学歴で判断したくはないですが、やはり中小企業は二流・三流の大学卒の人も当たり前になりますし、大手企業は一流大卒が当たり前になります。
四国だと一流大に行こうとすれば地元よりも東京や大阪、そしてそのまま大手企業に就職となると四国に戻ってくる可能性は薄いですので、四国ではＪＲという企業でもレアな存在、ってなると思いますよ。

まあ、就職している会社で格付けするのはいかがなものか？いう理想論はおいておいて、客観的にみた場合のアドバイスです。
東京在住の人間の視点での見解ですしね。
質問者さんの質問のように、”四国では”確かに有名＝もてる要素になりえる、だと思います。

幾らアピールしてもあなた自身に魅力が薄ければ・・・・じゃないですか？

魅力のある人間ならばどこの企業に勤めても人気があります。

会社で決まるものではありません。