音読・どこで区切れば良いですか？

これは問題文ではないし、区切るかどうかよりもおっしゃるように文の構造を理解すればいいだけですよね。

Their house was small
it had to be carried by wagon many miles to build (the small house). ⇒ itはhouseを代用している主語
as for the lumber

がこの文の言いたいことです（文構造の書き換えた結果ということではなく、その文の内容が伝えたいことを2行にして理解しやすくしただけ）
wagonは車がない時代なので、ワゴン車ではありません。

家をつくるために使われたと思われる木材でですが、
一般的に、
as for the lumber 木材に「関しては、～についていえば」
のような表現ができます。

そしてこれは小説です。
ここでは一文をカンマで文中区切り（ポーズ）入れ、一連の文章のようによめるようにつなげています。小説では、日本語でもそうですが、ぽつぽつ叙述的にのべるときに使われます。

これが文意を理解するための説明。

しかし実際に覚えておくべきなのは、

―― A ――文, for ―― B――　.

の文体があり、「BであるからA」「BゆえにA」「BなのでA」
のような文の構成するエッセンス（要素）や理由を匂わせる言い方があります。
ここで言うエッセンス（要素）や理由とは、「であるから」とか「～ゆえに」とあるものの because のようなその原因がないと、その結果が見えないような強力な関係ではなく、日本語でいう「～BのようなA」程度の関連性です。

「風が吹けば飛ぶような、家」
これは風が吹けば飛びそうなは、家を表す要素ですが、それがなくても家の形態は存在できます。
（つたわりますか？）

Their house was small, for the lumber to build it had to be carried by wagon many miles.
「建てるための木材を荷馬車で何度も運ばなければならなかった（ような）、小さな家」

>No.7の方は少し違う解釈のようです。

どちらもありなのでしょうか？

解釈は同じですよ。意訳と書いたように、小説向けらしい表現にしただけです。
4で誤訳を直していませんでしたが、
Their house was small, for the lumber to build it had to be carried by wagon many miles.
「建てるための木材を荷馬車で何マイルも運ばなければならなかった（ような）、小さな家」

がもとの文です。小さな家となったエッセンスや理由（ただしbecauseで表すようなそれがなければ成り立たない理由ではない）がいっしょに描かれています。

しかし小説で、とくにアリスの話で
「木材を何マイルもも運ばなければならなかったので、小さな家になった」では、読み物らしくありません。
日本語でも、くどい、あるいは説明的な文章を小説でさけていることがありますよね？

なので私が訳をつけるなら

「建てるための木材を荷車で何マイルも運んでやっとたった、小さな家」

としたわけです。
こういった訳語ではない「表現」としての文章は、英→日にするとき文章にやわらかさを与えます。

はじめまして。

いつも、多くのご経験とご努力の積み重ねに基づいた、深い洞察からくるご回答で勉強になっております。

ご質問１：
＜itの前で区切るのでしょうが、後で区切るのでしょうか。＞

この部分に関しては、「後」になります。

理由はthe lumber to build itまでが後文の主語になっているので、動詞句had to be carried～の前で文法上区切られるからです。


ご質問２：
＜つまり、構造が分かっていないということなのですが＞

ご謙遜だと思いますが、恐らく、forの用法をとり間違えておられるのでは？と拝察致します。

１．この一文は２つの単文からなる重文です。

２．重文とは等位接続詞andやbutで結ばれた、２つの「同じ位」の文の並びです。

３．この文では、forがその等位接続詞なのです。

４．Forは等位接続詞として、前文を受け、「なぜならば」「～というのは」と後文で理由を述べます。

５．この文の意味はNo.7の訳例にあるように
（直訳）「家は小さかった。何故なら、それ（家）を立てるための木材が、何マイルも馬車で運ばれなければならなかったからだ」
→
（意訳）「家は小さかった。というのも、家を立てるために、木材を何マイルも馬車で運んでこなければならなかったからだ」
となります。

６．ただ、この訳は因果関係が間接すぎるので、前後文脈がないと直接の関係が把握しにくいと思います。

本来なら、この２つの文に、以下の『　』の文のような補足説明が必要です。
例：
「家は小さかった。というのも、家を立てるために、木材を何マイルも馬車で運んでこなければならずなかったからだ」
→これに以下の補足説明が必要です。
「しかし、それは手間と費用がかかるので、それを省いた。すると小さな家になってしまった。」


ご質問２：
＜ここで区切って良いですか？　変ですか？where the family could go / in case one of those great whirlwinds arouse,＞

いいです。

１．このin caseは＝in case that「～という場合には」という意味で使われている接続詞の働きになります。

２．つまりone以下はin case thatというthat節に含まれる複文となっているのです。
例：
I would not go out in case (that) it were rain.
「雨の場合は行かないだろう」

３．Where節の中は、複文になりますから、
主節：the family could go
従属節：in case one of those great whirlwinds arouse
と分かれるので、主節の後に意味上の「，コンマ」があると考えればいいのです。

４．従ってご質問にある区切りで正しいのです。

５．なお、in case節は、実際に起こる可能性の少ない場合は、一種の反実仮想になるため、仮定法になります。通常その用法のin case節内ではshouldが用いられますが、ご質問のようにarouse＝「仮定法過去」が使われることがあります。

仮定法のin case節は反実のニュアンスを出すために「万一～した場合は」などと訳出されます。


以上ご参考になれば幸いです。

＃３の回答者です。

先程
for the lumber to build ,　区切り　it had to be carried by wagon
と回答しましたが、
後で気づいたのですが、
the lumber　＝　it　だと、
for the lumber to build, the lumber had to be carried by wagon
つまり
「the lumber のために the lumber が・・・・・」
なので、変ですね。

すみません。前回回答は無視してください。

微妙に意見が違うみたいなので私の訳を書きます。

彼らの家はとても小さかった。なぜなら家を建てるための木材は荷馬車で何マイルも運ばなければならなかったからだ。

意訳が抜けていたので、行の最後に付加してください。

　　↓
「建てるための木材を荷車で何マイルも運んでやっとたった、小さな家」

重複しますが、the lumber to build it(=thier house)がまとまった名詞句ですからitの後で区切ります。

in caseは接続詞ですからその前で区切ります。

こんばんは。

＞＞＞
"for the lumber to build it had to be carried by wagon"
itの前で区切るのでしょうが、後で区切るのでしょうか。
つまり、構造が分かっていないということなのですが・・・・。

it の前です。
（it の前にカンマがあってもよいと思うんですが・・・）
had には主語が必要ですが、文の中に had の主語となれるものは it しかありません。

直訳
「建てるための木材のために、それ（木材）は馬車（？）で運ばれなければなかった。」
　→「家を建てる木材を、馬車（？）で運ばないといけなかった。」


＞＞＞
あともうひとつ、
ここで区切って良いですか？　変ですか？
....a small hole, dug in the ground, called a cyclone cellar,
where the family could go / in case one of those great whirlwinds arouse,....

はい。よいですよ。
そして、＃１様がおっしゃるとおり、case の後ろでも切るのがよいと思います。


以上、ご参考になりましたら。

一つ目は、

for the lumber to build it　が主語になると思いますので、
itの後で区切ればいいと思います。

二つ目は、
where the family could go / in case one of those great whirlwinds arouse,....
でよいと思います。

itの後で切ります。

また、in caseの後も切れます。

ＣＤの付いている教材なら完璧だと思うのですが。