店員さんが

うちの店では捨て穴って呼んでました。

大当たり中出玉が詰まったりした際に、ホールコンピュータでその台の何回目の大当たりで何発出たか確認して、機種に応じた平均出玉を下回った場合にそれに達するように捨て穴に入れて出玉を調整します。
捨て穴の賞球は機種によって変わってきます。
台のセルの所に大当たり確率とか機種名とか書いてるところに
「3.10.13」とか書いてるのありますよね、これが入った際にでる玉です。
花の慶次の場合
「3.4.6.14.14」なんで
スタートチャッカーでは3玉、電チューでは4玉、捨て穴には6玉
上と下のアタッカーでは14玉の賞球になります。
慶次で捨て穴に10発入れたら60発で240円分です。
何故捨て穴に入れるかはスタートチャッカーで調整してしまうと大当たり抽選してしまうからです。
捨て穴では抽選しませんので普通はこちらを使います。

昔は、そういうケースで、出玉が減ったと思われたときには、下のアタッカーを開けて玉を入れてたのですが、今は大当たり時以外にそこに玉を入れるとアラームが鳴るんです。

多分、不正防止のためだと思われます。
そこで、違うポケット（払い出しは多分１０個）に入れているんだと思います。スタートじゃ３個ですから、あまり増えないしね。
大当たり中のぶどう状態になったら、台を少し叩けば崩れるので、軽く叩くのがいいですよ。一気に１５個ぐらい落ちて、少し得をします。

トラブル等で大幅な玉の減少などが起こった場合などは、コンピュ～タ～上での出玉を点検し、その分の出玉を補償・補正する所が多いと思いますが、そこまででない場合は何もおこなわないか、もしくは気持ち程度の玉を払い出す事や所が多いと思います。

質問者様のいう穴は、大体のパチンコ台で２番目に払い出しの多い所なので、出玉の補償・補正をこの穴に入れる事で、行う場合やお店もあります。ここ付近の釘を曲げると不正な遊技をされる場合もあるので、お店によってはアタッカ～で行う事を厳密にいう場合やお店もあります。

出玉の減少がなかった・アタッカ～にいれて大当たりを消化する形になると怒るかたもいる・変に出玉が多くなりすぎないように・等の点で少し質問者様のいう穴に入れて、出玉を気持ちだけ増やしただけで、単発とは全く関係のないことなので、気にしないでも平気です。