京都駅から徒歩とバスを使っての旅行をしたいです

京都駅から東本願寺へは、徒歩で10～15分程度で着けると思います。

東本願寺の参拝を終わったら、京都駅へ戻るか、「烏丸五条」のバス停へ歩いていってください（どちらも距離は同程度）。

「烏丸五条」ならば市バス８０系統で、「京都駅前」から市バス２０６系統で、「清水道」まで行き、そこから清水寺へは歩きです。
清水寺を参拝し終わったら、産寧坂・二年坂を経由して、高台寺、知恩院、八坂神社あたりを回られ、祇園へ出るようにします。

祇園近辺でお豆腐でしたら、
豆水楼
http://www.tousuiro.com/index.html
とか
豆腐茶屋
http://r.gnavi.co.jp/k872200/
あたりはいかがでしょう。
豆水楼の木屋町本店は、９月いっぱい『床』をしているハズです（行かれるのが１０月以降ならごめんなさい）。
どちらも予約をしていった方がいいですよ。

下鴨神社付近のホテルというと、最寄りバス停が「高野橋東詰」のあのホテルかなぁ…。
「高野橋東詰」ならば、「祇園」から市バス２０６系統１本で行けます。

昼に着いてそれだけ行く場所が決まっていれば、スケジュールいっぱいなのではないでしょうか。

とうふはここで。予約しといてね。
http://www.to-fu.co.jp/jp/index.html