倒産した後。

たとえばXさんが、Y株式会社を設立したとします。

この場合、法律上の取扱いとして、

Y株式会社は、ミスターX氏とは別個の
ミスター（ミス？）Y氏であると見なされます。

このような取扱、「法律上の人格」を「法人」と言います。

会社は法人であって経営者とは別の人格と見なされるので、会社の破産と経営者個人の破産とは全く関係ありません。

隣家のご主人が破産してもあなたが破産しないのと同じ理屈です。

でも、あなたがお隣のご主人の連帯保証人になっていると、お隣さんの借金の肩代わりをしなければなりませんから、道連れになって破産するかもしれません。

経営者が会社の連帯保証人になっている場合には、会社の道連れに経営者が破産する場合もあります。

>倒産したのに、お金を持っているのは、自分の貯金があったということなのでしょうか？

これは会社が倒産しても代表取締役は金を持っているということでしょうか？
会社の財産と経営者の財産は別物です。
連帯保証人になっていなければ会社が倒産しても個人の財産には影響ありません。
ただ、日本の中小企業では銀行からお金を借りるときに、大抵は代表取締役が連帯保証人になり個人補償することになります。
そこで倒産するにしても銀行の借入金は先に全部返済して、個人補償してない買掛金などの借金は返さないで倒産するということをすると、代表取締役であっても個人の資産はそのまま保護されることになるでしょう。