腰部がポキポキ鳴るのですが、直すことはできないのでしょうか？

腰痛症を治すためには、安静にして過度な負担を避けることが大事です。

ポキポキ音が鳴るような動作も、なるべく避けましょう。

＃1です。

＞ウォーキングの方は毎週末３、４時間歩いています（もともと登山をやっていたので、早く復帰したくて）。
それで、すごく初歩的な質問なんですが、ウォーキングは腰にどのように効果があるんでしょうか？改めて考えたらよくわからなくなってしまって。。。

あまり良い歩き方ではありませんね。
痛みとしびれがあるのに週末だけ。しかも3時間は歩きすぎです。
早く復帰したい気持ちはわかりますが焦りは禁物です。
プロスポーツ選手を思い出してください。
週末だけ練習する選手はいますか？どんなスポーツであれほぼ毎日、練習するはずです。
目的、負荷こそ違っても基本は同じです。毎日少しずつ歩きましょう。
仕事、買い物のついでではなく、普段生活の中で歩くのとは別に、
歩くためだけに歩いてください。屋内ではなく屋外です。
まずは20分くらい目安でいいと思いますが、歩行時に痛みがなく、
また次の日に痛みが残らない分数で行ってください。
まとめて歩くのは体に負担になるだけで、毎日少しずつ歩けば疲労回復など期待できます。
同じ動きでも、その効果は180度違ったものになります。
正しいしウォーキングを実践してください。

歩くことの意義ですが、本来腰だけでなく体の基本的な
健康を維持する為には歩かなければならないのです。
人間の永い永い歴史を考えてみてください。
移動手段が発達し、歩かなくなったのは戦後5、60年の出来事です。
石器時代、弥生、戦国、幕末、明治みんなそれなりに歩いて生活してきました。
つまり人間は歩くことで健康を維持できるように作られています。
皆さん「なにもしてないのに肩、腰、膝が痛いと」仰います。
私から言わせれば「何もしてないから痛いのです」。
これで回答の全てを網羅できますが、もうちょっと細かく説明します。

歩行は全身運動ですが、特に腰から下の筋肉の使用量はとても大きいです。
骨盤の横移動、ねじり、傾きなどのうごきも入ります。
腰にとって重要な筋肉は骨盤にくっ付いています。
筋肉は動かすと柔らかくなりという性質があります。
つまり歩くだけで、腰周りの筋肉状態がとてもよくなるのです。
と同時に筋肉もついてきますので、腰はもちろん、膝や肩、
内科的なものも考えると一石十鳥ははるかに超えます。

痛みや痺れがあるということなんで絶対に無理はしないで下さい。
また、ドクターの指示を第一に実行してください。
あまり変化がなければMRIがある病院で再検査するのも手段かと思います。

私も基本的には理学療法士と同意見です。

ポキポキの音の理由は諸説ありますが実際は解りません。
なので質問者様の音の原因を解明しようとしても無理でしょう。
想像の話はいくらでもできますが。

＞それとも、椎間板症が完治すれば、音もしなくなるのでしょうか？

正確にいえば「症状が治まる」といった方がいいと思います。
椎間板の狭小化や不安定性は元に戻らないからです。
痛みをとり、腹筋背筋をきたえ、ウォーキングをしっかりすれば改善するかもしれません。
が、なんともいえません。

最初に戻っちゃいますが、痛みがないのならそんなに気にしなくてもいいと思います。