外出先からのWake On Lanでのルーターの設定

> ＵＤＰのポートを使うのでポートは開放しています。

UDPの特定ポートに届いたパケットを内部LANに転送しているかと思いますが……
ブロードキャストアドレスになっていますか？
内部LANが192.168.1.0、サブネットマスクが255.255.255.0の場合、ブロードキャストアドレスは192.168.1.255になります。
起動したいPCのIPアドレスに向けていた場合、後述の問題があります。
なお、ブロードキャストアドレスを指定できない／設定できるがブロードキャストしてくれないルータはよくあります。
使用したものでは…
I/O-DATAのWN-G54/R2はブロードキャスト可能、
バッファローのBBR-4HGでは設定できず。でした。
プラネックスのBLW-54CW2はまだ試していないので不明です。
# ちなみに、バッファローのBHR-4RVは通す…様です。
# セールスポイントとして明記しているくらいですから、明記されていないものは通さない…ということでしょう。

> 一番問題は起動したいパソコンがシャットダウンした数分後ならＬＡＮ外からのＷＯＬに成功するのですが時間がたつと出来なくなってしまうんです。

ルータのARPテーブルに残っている間は可能。ということでしょう。
ARPテーブルはある程度の時間が経過すると消去されますので、消去後はIPアドレスとMACアドレスの紐付けができません。
「UDPポートを開けた」というのがブロードキャスト(全てに送信)でなければ、MACアドレスとの紐付けができませんので
どのLANポートにパケットを投げればいいのか判別できませんので棄てられてしまいます。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Wake-on-LAN
http://www.google.co.jp/search?num=30&hl=ja&q=WO …

解決策としては…
・ブロードキャストが可能なルータに換える。
・ARPテーブルをクリアしないルータに換える。(さのようなルータがあるかは不明)
・WOLリピータを使う。(なにげに検索したらありました。ちょっとビックリ)
　http://www.starstonesoft.com/WOLRepeater.htm