謝金の対象と源泉について

＞講師に交通機関の領収証を提出してもらい、領収証を当団体で保管して、当団体の旅費交通費として経費計上していました。

ＯＫです。そして、この場合の「会場までの交通費」は、貴団体の職員の旅費交通費と同じ扱いとなり、講師の所得にはなりません。それゆえ、報酬等の支払調書には講師謝金のみを記載して下さい。

むろん源泉徴収も講師謝金の１０％（※）です。交通費は源泉徴収の対象になりません。
※1回に付き100万円を超える場合には、その超える部分については２０％。

＞講師に交通機関の領収証を提出してもらい、領収証を当団体で保管して、当団体の旅費交通費として経費計上…

本来は、その講師の旅費交通費であって、会社の旅費交通費ではありません。
会社の旅費交通費になるのは、自社の社員が交通機関を使ったときです。
講師からは、交通費の金額を聞くだけでよく、領収証を取り上げる必用はありません。
近距離の電車バスでは領収証も出ませんしね。

＞報酬等の支払調書に謝金として記入するとき、この交通費は謝金に含まれるの…

本来は、謝金に含めるべきですが、先に自社の経費にしてしまったのなら、謝金に重複計上してはいけません。

＞この場合の実費精算分の交通費も謝金としてどのように…

源泉徴収の有無は別にして、支払先が個人か法人かで、仕訳が異なることはありません。

＞今回の質問内容で源泉をする場合にどこまでが対象になるのでしょうか…

交通費の領収証を取り上げてしまっている以上、正味の謝金分だけが源泉徴収の対象です。

本来は、消費税や交通費実費が明確に区分して請求されている場合は、正味分の源泉徴収だけでよいのです。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2792.htm
[謝金] + [交通費] + [消費税] の全体が会社としての「謝金」であり、その額すべてが経費となります。
この場合でも、源泉徴収するのはあくまでも正味謝金だけです。
講師には全合計額から正味謝金の源泉徴収分を引いた領収証を書いてもらい、交通費の領収証は返します。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm

報償費は源泉対象ですが、旅費は実費精算ですから、そこから源泉処理したら実費にはならないですよね。

私どもも講師を依頼しますが、旅費と実費(コピー代金やその講習で必要な書籍)はそのままお渡しし、報償については源泉処理して「支払調書」を同封してお渡ししています。