確定申告(医療費控除)について

奥さんは昨年末まで被扶養者ではなかったので医療費はそれぞれが独自に負担しなければなりません

どちらか一方に集約することは出来ません
なので昨年の分は夫婦別々に控除申告しなければなりません
今年からはご主人の扶養で纏めて控除できます

医療費控除は
所得金額に０．０５をかけます
これと１０万円のどちらか少ない方を実際に支払った医療費から引いた残りが控除されます
一律に１０万円を引いた額が控除されるというのは間違いです

医療費控除申請の条件は「納税者が、自分自身又は自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費であること」ことですね。

共働きでそれぞれに相当程度の収入があっても生計をともにしていればお互いの分を払ってあげることが出来ると解釈されます。言い換えれば確定申告上の配偶者控除や扶養の関係にある必要はないわけです。

表向き「誰が払った」かは問われるわけですが、実際には現金払いの領収書の宛名は受診者で、共働きの夫婦のいずれが払ったかは定かではありません。実際に支払ったのが誰かなどと問われても生計をともにしている共働き家庭の意識として同じ財布なのですから、（厳密には税務署の判断を仰ぐべきテーマだとしても）現実にはどちらでもよいという判断で出せば通ってしまうということだと考えられます。

＞※妻は昨年末に退職し、夫側の扶養になっています

税金の配偶者控除と健康保険の扶養被保険者を明確に区別して表現しないと混乱します
（税金に関しては、健康保険の状況は関係しませんから、不用意に表現すると混乱の元です）

＞妻 給与250万円

であれば　配偶者特別控除も適用されず、かなりの所得税を納付されているでしょう、また　今年の市民税もそれなりに課税されるでしょう

夫の市民税の減額と　質問者の所得税＋市民税の減額のどちらが大きいかで判断でしょう

保険証なのですが奥様も旦那様の扶養に入っていますでしょうか？

もし入っているのなら扶養に入っておられるすべての領収書を旦那様の名前で還付請求することになります。
ただし15万-10万の5万が控除対象額になります。
奥様の保険証が旦那様の扶養にはいっておられない場合は双方別々に出すことになります

住宅ローンも組まれているとのことですので　旦那様の会社で年目つ調整されていると思いますがたぶん住宅ローン減税の関係で還付されるかと思います。

＞夫・妻のどちらで確定申告をすべきでしょうか…

どちらでって、任意に選択できるものではありません。
誰が支払ったかです。
そもそも、医療費控除に限らずどんな所得控除も、実際に支払った人が控除を受ける権利を持っています。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1120.htm
妻が払ったものを夫が申告することは、原則としてできません。
その逆も同じです。
ただ、現金で払っている場合は、お札に名前が書いてあるわけではありませんから、「生計を一」にする家族が代わりに払ったと主張することもできます。
妻の預金から振り替えられているような場合は、夫にはまったく関係ありません。

＞妻は昨年末に退職し、夫側の扶養になっています…

税法上、夫婦間に「扶養」はありません。
税法上の「扶養控除」は、親子や祖父母、孫などに適用されるものです。
夫婦間は、「配偶者控除」または「配偶者特別控除」です。
「配偶者控除」と「配偶者特別控除」とでは、税法上の取扱が異なりますから、十把一絡げに扶養と片付けてはいけないのです。

しかも、配偶者控除や扶養控除などは、1年間の所得額が確定した後に決まるものであり、年の初めや途中に出たり入ったりするものではありません。
年末まで普通に勤めておられたのなら、「配偶者控除」はもちろん「配偶者特別控除」も対象にはなりません。

「配偶者控除」は、配偶者の「所得」が 38 (給与収入で 103) 万円以下であることが条件です。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1191.htm
38万円を超え 76 (同 141) 万円以下なら「配偶者特別控除」です。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1195.htm

＞この医療費控除で市民税の減額も受けられると聞いた…

所得税の基礎控除は 38万、住民税の基礎控除は 33万で税率は 10%、この差 5万円の
10% が翌年 (今年) の住民税節減額です。

＞市民税の減額は無視して妻側で所得税還付を受けた方が良いのか…
＞妻 給与250万円…

妻の所得税は 5%でしょうから、
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2260.htm
(15 - 10)万× 5% = 2,500円
の所得税が還付され、翌年の住民税節減額は夫が申告した場合と同額です。
答えは簡単ですね。

その前に、誰が払ったのかだけもう一度確認して申告書を作ってください。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm