Java でネイティブアプリケーション

Eclipseでは、標準ではビジュアルなデザインツールはないです。

一応、Visual EditorってのがEclipse Foundationから出てますが、これはEclipseの最新版では動かないので注意が必要です。（１つ前の3.2なら動く）

ウインドウを使ったGUIのアプリケーションなら、NetBeansのほうが圧倒的に今はデザインしやすいんじゃないですかね。JBuilderもこのあたりはかなりこなれてます。ただ、今はJBuilderもEclipseベースに変わってますから、実はJBuilder = Eclipse + プラグインだったりします。

ただ、この種のGUIのデザイナは、それぞれのツールごとに癖のあるソースコードを吐き出しますから注意が必要ですよ。GUIの部分ってのはそんなに莫大なコードじゃないですから、個人的には全部手書きしたほうがデザイナに頼るより最終的には柔軟なデザインができると思いますが……。

Javaで、Windowsネイティブなアプリケーションを作るんですか？

Javaのプログラムは、Java仮想マシンの上で実行されるように設計されてますから、ネイティブなアプリケーションは作れませんよ。ネイティブ環境で動くプログラムを呼び出して利用することなどはできますけど、それらはC/C++で書きますし。

まぁ、確かに探せばJavaのプログラムをWindowsなどで直接実行するEXEに変換するプログラムなどはありますけど、それも「EXEで実行した中からJavaのコードを実行している」だけで、ネイティブなコードにコンパイルしているわけじゃありません。

Javaでネイティブアプリケーションを開発する、ってのは、その発想そのものが矛盾してます。この点、もう一度よく考えたほうがいいと思いますよ。

開発環境は、今は大半がEclipse、NetBeanやJBuilderはごくごく少数派でしょう。個人的には、NetBeansはけっこうおススメですが、情報などはEclipseのほうが圧倒的に多いので、こっちから入るのがいいんじゃないでしょうか。

データベースは、基本的にコネクタ・プログラムを使えば、どれでも問題ないですよ。MySQL、PostreSQL、Firebird、すべてOKなはずです。日本では、PostreSQLユーザが多いから情報はこれが一番得やすいかな。