MACハードディスクの初期化の仕方を教えてください。

＞ セキュリティオプションに

＞ ●データを消去しない
＞ ●データをゼロ消去
＞ ●7回消去
＞ ●35回消去
＞ とありますが、どれを選択したらいいのでしょうか？

これは、初期化したハードディスクを、悪意ある他人によって、データを抽出される危険に対するオプションです。ハードディスクは、初期化しても、データがどこにあるかを記録するマップ（地図）が消去されるだけで、データ自体は消去されていません。データをすべて0に書き換えることで、他人に盗まれないようにするものです。いちど0で書き換えを行っても、微弱ながらもとの信号が残っていることがあり、その微弱な信号を消すために、0消去を繰り返すというのが、X回消去です。
0消去を行うと、80GBだとすると、ほぼ半日かかります。35回消去すると、まあ数日かかるでしょう。
ハードディスクに不良箇所がある場合、0消去で改善するという話がありますが、私はそれに対して疑問を持っています。ハードディスクの記録領域全体に書き込みを行うので、不良箇所を見つけることには有効ですが、不良箇所を直すわけではありません。

Mac OS 拡張（ジャーナリング）

これがデフォルトですが、そのままが最善です。
「Mac OS 9 のドライバをインストール」のチェックボックスがある場合、Mac OS 9をインストールするなら、チェックを入れてください。（ディスクユーティリティ 10.5.6には、そのチェックボックスはありません）
大文字小文字を区別するのオプションは、避けます。Mac OS 9が区別しないので。

＞ 全部のデータをバックアップしているので、
＞ とりあえずそれをコピーし直してみようかと思っています。

ディスクユーティリティの「復元」でバックアップをとっておくと、おなじ復元で、初期化後のPowerBookに起動可能な状態で戻すことができます。
しかし、PowerBookの調子が悪い原因が、ソフトウェアにあることも考えられます。そうだとすると、調子が悪い状態に復元することになってしまいますので、できれば、システムのクリーンインストール、セットアップのやり直しをお勧めします。

＞ （仕事で使っていて即使用したいので、設定等が時間的に厳しいかなと思います）

仕事で使っていれば、なおさらです。納期が24時間遅れるとことわって、24時間以内に納品するのと、24時間以内に納品すると約束して、まったく納品するめどが立たなくなるのと、どちらがベターでしょうか？

システムのインストールはどうされる予定ですか？

通常はインストールディスクから起動させて初期化後システムの再インストールをするのが正しい手順です。