青色申告申請前の売上に対する入金の扱いについて

＞１２月の前半迄、正社員で働いていまして、その給料が昨年の２月に振り込まれました…

給与は、受け取った日に計上します。
事業の収支とは考え方が違うのです。

今年これから書く申告書の「給与」欄に書き込みます。
とはいえ、1ヶ月分に満たないわずかな給与であっても、「給与所得控除」はまるまる 1年分もらえます。
65万円が控除されますので、よほどの高給取りであったのでない限り、「給与所得」はゼロと見てもらえます。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1410.htm

＞一昨年の１２月に請負で仕事を行って請求を行い…

そのお金は、一昨年分の確定申告に含めてあったのですか。
本来は、12月の売上として、一昨年分の申告です。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2200.htm
原則どおり含めてあったのなら、昨年分の申告には関係ありません。

一昨年分に入れてなかったのなら、一昨年分の修正申告をすることになります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026.htm

ただ、青色申告が「現金主義」を届け出たのであれば、昨年分に含めることになります。

源泉徴収の有無は、確定申告とは関係ありません。
源泉徴収されていたとしても、源泉徴収はあくまでも仮の前払いであり、それで納税が完結するわけではありません。
確定申告はしなければなりません。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm