コンポでＣＤ-Ｒを入れると読み込むけどトラックを指定すると．．

音楽CDは正常に再生できるのでしょうか？

また、順番に再生させたら問題ないのでしょうか？

そうなら、
CD-Rのリードイン部の書き込み品質が悪くて、トラック情報がうまく読めないのではないかと思います。
つまり、曲のある場所がわからない、みたいな・・。
メディアの最初と最後は酷くなりやすいですから。

ドライブ、メディア、書き込み速度を適切にすることで解決できるかもしれません。

私もPioneerのDVDドライブで経験しています。

　CDコンポの特性（レザー出力等）によものと思われます。

　但し、御使用のコンポが数年使った物であればレザーダイオードを清掃する事で安定する可能性が有ります。
　とりあえずマニュキュアの除光液かアルコールと綿棒を用意します。
　CDコンポのCDのフタを開け、中央部に透明の約3mmぐらいの直径の電球の頭（半球形）の様な物が見えるので、此れを先ほどの綿棒に除光液を少し塗って清掃します。（艶が出るようで有れば汚れていた証拠）
　その後綿棒の反対側で乾拭きし、糸くず等が無いことを確認します。
　尚、CDそのものの汚れの可能性は低いと思いますが、CDはシリコンクロス（めがね拭き）で内側から外側に向かって拭いてみて下さい。

インデックス部（１番目の曲がどこから記録されている。

２番目の曲がどこから記録されている、・・・といった情報）が、正しく作成されていないのではないでしょうか。

先頭部分から順番に再生する場合には正常に再生できる。


なお、このインデックス部は、もっとも中心に近い部分に作成されるので、その部分を再度、確認してみてください。