高画質

nihcです。

Winメディアプレイヤーの場合、多種の音声形式の再生機能を有しています。
まずは、お持ちの音声ファイルが、どのような音声形式であるかを、知ることです。
これが、WAV(ファイル拡張子)なら、即SoundEngne、RadiLine、TWEなどの音声編集アプリへ載せることが可能です。
その音声形式を調べるために使っているのが:
真空波動研：フリーの映像,音声フォーマットチェッカー兼プレーヤー(見た目、操作はメディアプレイヤーの６代目＋α)
ここで WAV でなかった場合は WAV 形式に変換します。
音声ファイル変換： この文字でググって Vector からフリーツールを落とします。("ぷっちで..." とか)

音声編集の容易さ、不都合発生の度合:
WAV(圧縮なし) → 各種音声形式のCBR(圧縮率固定) → 各種音声形式VBR(圧縮率可変) の順で 悪くなっていきます。

nihcです。

複雑な編集はしたこともないし、専用の編集ツールは知りませんので、ご期待には添えないかも知れません。
音声を弄るならレイヤのようにBGM、ナレーション,効果音といった形で音声を分けて編集できるので［RadioLine Free］、個別のエフェクトが多彩な[SoundEngne Free]が 絶対にお勧めです。(使い方はサイトのTipsを読むしかないようですがw)、TWEは最初に触ったWAVエディタなので惰性で使ってますw

高画質FLV動画作成は、ニコニコ動画まとめWIKIサイトの[AVIUtilyとVP6 2pass]でやっています。
高画質にするには、高画質な素材を用意すること、コーデック設定を VBR にしてニコニコ制限限界まで内容を詰め込む、そうすれば実現できます。が変換に失敗したりノイズが入ったりするリスクが高いので、私は映像も音声も,CBRでやっています。所詮は512x384ですからw
わずかの経験ですが、映像+音声の動画なら音声は絶対に譲りたくないですね
WAV編集した音声をMP3の高音質に変換し、ニコニコ制限ファイルサイズから引いた残りを映像に割り当てます。これを同サイトから音声と映像を多重化、FLV変換するバッチでニコ用動画を作成しています。
それと前にも書きましたが、ムービーメーカーで動画作成するとき、編集完了した時の保存方法です。
まず素材が悪くては話になりませんからw
◎コンピュータの最高の品質で再生(推奨)を選択せず、[詳細選択枝の表示］、[その他の設定］から
ローカル再生用ビデオ(2.1M)を選択(MPGの2.1Mはたいしたことはありませんが、WMVの2.1Mは結構高画質です)します。
実はここから先が本当のムービーメーカーでの高画質作成への道ですが、私もやったことがないので説明できませんw。その方法とはより高画質、高音質のプロファイルをWMV Media Encoder のプロファイルエディタで作成してムービーメーカーの選択窓に追加するんだそうです。

私が使用(愛用)している、ニコニコ動画作成用のフリーのツールたち
AVIUtily：aviutlyでググッてgetできる。 ニコニコ動画まとめWIKI[AVIUtilyでのVP6 ２pass］にもリンクあり
AVIUtlyの解説：非常に親切で、かつ詳しくも解説されているお勧めのサイト ／ttp://jumper-x.hp.infoseek.co.jp/begin/index.html
AVIUtily DirectShow Plugin：まずほとんどの動画を読み込めるようになる／ ttp://www.tenchi.ne.jp/~yoko/aviutl/
真空波動研：映像,音声として名高いフリーのフォーマットチェッカー兼プレーヤー／ ttp://kurohane.net/
SoundEngne Free：名高いフリーのWAVエディタ／ ttp://www.cycleof5th.com/products/soundengine/
TWE：YAMAHA製の有名なフリーのWAVエディタ／ ttp://www.yamaha.co.jp/product/syndtm/dl/utility/twe/index.html
LameMP3：ややこしいことは飛ばしてドラッグ&ドロップでMP3変換 ／ ttp://www.nihongoka.com/jpatch_main/lamedropxpd

ムービーメーカーには音の編集機能はありませんもんね

私もその点はあの手、この手です。がムービーメーカーのWMAは
編集向きの形式ではありませんから、WAV編集とせざるを得ません。
そこで
フリーウェアのWAV編集で名高いSoundEngneをご存知でしょうか?
その姉妹ソフトウェアに、PadioLineFreeと云うのがあります。
www.cycleof5th.com/products/radioline/
このソフトウェアについてはご自分で精査していただくとして
ここのTipsに、音楽メロディ作成のコラムが載っています。
参考にされてはいかがでしょう。
ムービーメーカーへは、ナレーション機能のWAV-MIXで取り込むという
安直な方法もあります。

それと高画質ですが、ムービーメーカー動画をそのままニコに
揚げるとすさまじく画質は低下しますもんね。
ニコニコ動画まとめサイト[エンコード加工]に、ニコニコ規格
動画へ変換するバッチファイルが紹介されているはずです。
ムービーメーカー動画を直接変換して成功するか確証が得られないので
はっきり語られていませんが、うまくいくかも知れません。
(ムービーメーカー動画形式は640x480 2100kbs(固定レート)がお勧め)
私もこの手で、ムービーメーカー製スライドショーを投稿しましたw
FLVプレーヤーで事前に動作確認して問題なければ投稿できるでしょう。
それ以上の高画質を求めるなら、同サイトの[AVIUtlyを使ったVP6
2pass］が役に立つかも知れません。
ニコニコ動画まとめサイト nicowiki.com/

「ニコニコにあげる際の動画」に適する「繋ぎ」がどんなものか知らないけど、ムービーメーカーでは・・・

１．[ファイル]→[コレクションの読み込み]で複数のファイルを読み込
　　む
２．[コレクション]窓の表示されたクリップを下方のストリートボード
　　にドラッグ＆ドロップ
３．[ビデオ切り替え効果]の中から例えば「ページカール(右上へ)」を
　　ストリートボードの２つのビデオクリップの間にドラッグ＆ドロッ
　　プ
これで、左下隅から右上へページを捲る「繋ぎ」になります。

的外れなコメントでしたか？