人工的に進化した人類と旧人類が争うSF作品

　コミックで「強殖装甲ガイバー」。

　秘密結社「クロノス」は、人類を遺伝子レベルで「調整」した「獣化兵」を戦力としている。彼らの上に立つ十二神将は、自らが「獣神将」と呼ばれる調整体であり、遺伝子レベルで獣化兵に対する支配力を持つ。

　彼らの技術の源となった「遺跡」は外宇宙の知性体の宇宙船である。そこから持ち出された生体強化ユニットを偶然手にした主人公は、そのシステムに取りこまれ「ガイバー（規格外品の意味）」と呼ばれる超人となり、クロノスとの戦いに身を投じることとなった。

ちょいと違うかもしれませんが。

。。
アニメなら、

「NIGHT HEAD GENESIS」
http://ja.wikipedia.org/wiki/NIGHT_HEAD
強力な超能力のために、研究所に隔離されていた霧原兄弟。
その二人が、研究所を脱出することから、物語は始まる。
物質文明に溺れる人間に、破滅と希望を投げかける。
（超能力者を、進化種とするならば・・）


「BLOOD＋」
http://www.blood.tv/
何故戦うのか？人を喰らう翼手は、悪なのだろうか？
生物種と、人間の主観について問いかける。
サヤとカイの切ない最終話まで。
（薬物で遺伝子をいじくる、という意味で。）


「地球へ・・・」
http://www.terra-e.com/
正義とは何か？人間とは何か？そして希望とは何か？
環境破壊により人の住めなくなった地球。
人類は、コンピューターに記憶、出生の管理を任せ、偽りの安寧を手にしていた。
しかしその中で、超能力因子を持つ「ミュウ」が生まれ始める。
プログラムの指示で、異端を排除するべく、ミュウを迫害する人類。
自分の意思を持たない人間達に、ミュウは生き方を問う。
（ミュウは自然的な進化種ですが。）



漫画なら、

「スパイラル～推理の絆～」
これは断じて、探偵ものではありません！！！
最初は推理系統の漫画を思わせるが、後半は、「ブレードチルドレン」と呼ばれる、超人的な知力と体力を持つ少年少女たちの、高度な論理バトル、心理的葛藤を描くものとなっている。
私が一番泣いた作品。
主人公歩（あゆむ）の下に現れる「ブレードチルドレン」達。
彼らの語る、最悪の未来とは？
歩の存在意義とは？
謎のヒロイン、結崎ひよのの、真の正体とは？
定められた運命のループを、スパイラルに変えることはできるのか？
（ネタバレすると、これは物語の途中で明らかになるのですが、ブレチルは、神(悪魔)と呼ばれた存在の、体外受精による、量産された子供たちで、主人公の歩は・・・・・・・・・・・

これ以上は言えません。つまんなくなっちゃうから＾＾）

ストーリー的に微妙ですけど

ダイターン３

は人類をサイボーグ化しようとするメガノイドとの戦いを描いています。

『ゼーガペイン』

　人工進化実験で生まれた種族と、肉体を失いデータ化した人類が戦うロボットアニメ。
　http://www.tv-tokyo.co.jp/anime/zegapain/

『青の６号』
　マッドサイエンティストの作った水棲人類と現人類が戦うスーパー潜水艦アニメ。
　http://www.bandaivisual.co.jp/ao6/

『地球へ』
　人口管理システムによって生まみだされた超能力種族（新人類）の反乱を描いた大河アニメ。
　http://www.terra-e.com/

「ベターマン」は、ちょっと違うのかなぁ？

条件が厳し過ぎて近い物でも思いつかないな…。

「戦闘メカ　ザブングル」はちょっと違うかな。

ネタバレになるので詳しくは検索を。

Project BLUE　地球SOS

重戦機エルガイム
ボトムズＴＶ版

・・・ん～希望条件だとな～これくらいかな？
別で「超者ライディーン」あと「サムライトルーパー」とか？

ご希望とは少し違うかもしれませんが、

・星界の紋章
・星界の戦旗
はどうですか？

ちょっと微妙ですがトランスフォーマー

銀河英雄伝説
ガンダムF９１もお勧めです