日本代表選手へ特別に報酬は払われるのですか？

おおよそプロである以上、何らかの協定、報酬はあります。

プロとはその道で生計を立てているものを言います。
その彼らが何の見返りもなしに出場というのは基本的にあり得ません。
一番の問題は怪我で、誰がその後の保証をしてくれるのでしょう？

日本の五輪の最高組織はJOCですが、その下に各競技機関があるわけです。
この競技機関は通常アマチュア機構ですが、ここでプロとの調整がはかられます。
報酬もここの機関が捻出、あるいはプロ機構側に打診いたします。

野球やサッカーではビールメーカが協賛になっていて、報酬は協賛金から支払われています。
サッカーの場合、プロは２０万円、アマはなし(図書券)だと記憶にありますが、
裏は取っていませんので悪しからず。
野球は現役の一流どころが参加してくるので額も桁が違います。

それとは別に通常は所属球団の方で報奨金を出します。
また、日本代表ともなればハクがつきますし、野球は優勝候補です。
CMやその後の人生の活動（監督、執筆、講演など）でギャラも違ってきます。
サッカーに比べて野球の場合は旨みも大きいです。

オリンピックの場合は出ないです。

但しメダルを取れば報奨金が出ます。


なお、ＪＯＣには、五輪でメダルを獲得した選手には金３００万円、銀２００万円、銅１００万円の報奨金を支給する規定があり、
トリノで金メダルの荒川静香には報奨金300万円が渡されました。