スパロボ『α』シリーズでのマサキについて

>第一次や外伝では宙ぶらりんのまま設定をしようした、ということでしょうか？

宙ぶらりんと言いますか、版権が世界観・ストーリーとキャラクターとで分かれている状態です。
先の回答でも書いたとおり、ラ・ギアスの世界の設定などの版権はウィンキーソフトですから、ラ・ギアスを舞台にしたゲームがバンプレストが発売する事は難しいでしょう。
逆に、ウィンキーソフトがゲームを作るとして、サイバスターなどのキャラを使う事は出来ません。（実際、ラ・ギアスの世界観を流用しつつ魔装機神関係が全く登場しないゲームを出してます）

と言うわけで、現状でもキャラだけを使うのであればバンプレスト単体で可能です。
しかしマサキは地球連邦軍に所属してたりする訳じゃないですから、居るだけ参戦するとしても地上に出てきてストーリーに絡むにはそれなりの理由が必要です。そしてその理由を用意するにはどうしてもラ・ギアスが絡んでしまいがちですから、中々出てこないのです。

第1次α外伝と第2次αの間で何かがあった訳ではなく、単に第2次では理由が用意しづらかっただけでしょう。現にもっと後のOGシリーズでまた出てきてます。（完璧に居るだけ参戦ですが）

ストーリーが完結を迎えたとかじゃなくて、版権の問題です。

魔装機神シリーズは元々はスパロボオリジナルですが、（初期の）スパロボ自体がバンプレストとウィンキーソフトの提携で作られていた作品で、魔装機神単独の作品である「魔装機神 THE LORD OF ELEMENTAL」もその一つです。

しかし1999年のコンプリートボックスの発売を最後にこの関係が消え、魔装機神シリーズの版権は宙ぶらりんになっていると言えます。
特にラ・ギアスの世界観などはウィンキーソフトの人によって設定されているため、本格的に魔装機神シリーズをストーリーに絡めるとなるとどうしてもウィンキーソフトの版権と衝突してしまうのです。

ですので、ウィンキーソフトと離れてからのバンプレストとしては、魔装機神シリーズを全く使わないか、サイバスターやグランゾンなどのロボットとパイロットのみを登場させ魔装機神のマの字も見当たらないような使い方をするか程度しか出来ないのです。