初めて確定申告します。銀行明細の整理の仕方について教えてください。

通帳のコピーの入出金欄と、取引の際の領収書や明細書に、同じ番号を振っておきます。

確定申告の際、税務署の業務も煩雑を極めていますので、あまり細かくチェックするのは不可能です。
そこで、確定申告を郵送で行うことをお勧めします。
郵送だと、１、２件の軽微な間違いがあっても、勝手に訂正しておいてくれます。
取引の明細をエクセルなどで一覧にしておけば、特に領収書の添付は義務づけられていません。
ただ、疑問を持たれると検査に来ますので、できるだけ正確にしておくと良いでしょう。

＞今月末に、初めて確定申告をしようと考えています…

いまは申告の時期ではありませんが、去年の分ですか。
初めての申告が期限後申告では、税務署から相当目を付けられますよ。

＞取り引きの件数が多いため、白色申告でと考えています…

そのような理由で白か青か決めるものではありません。

＞売り上げから経費を差し引いた所得を算出しようと…

「仕入」も引かないとだめですよ。
仕入れし経費は本質的に違うものですから、混同してはいけません。

＞取り引きに関係ないものは売り上げには数えたくありませんし…

・事業用ではない入金 【普通預金／事業主借】
・事業用ではない出金 【事業主貸／普通預金】
として、すべての取引を記録して『預金出納帳』とします。

＞ATMの出入金は除外しなくてはいけません…

上に同じ。
「事業主貸」、「事業主借」として集計します。

＞取り引きに関係ないものというのは自己申告であり…

事業用の入出金もすべて自己申告です。
他人に証明してもらうものではありません。

＞証明するものはメールのやり取りくらいしかありませんが、そのようなものを省いて…
＞悪意のある申告ですと、いくらでも省くことができると思うのです…

スーパーで万引きしても、必ずしも全員が捕まるわけではありません。
だからといって、あなたも万引きをしますか。

＞どれがオークションでどれがそうでないかを整理するだけでも大変で…

何日分、何ヶ月分も貯めるからそうなるのです。
記帳は毎日行えば、そのようなことになりません。

＞こうすれば節税できるとかのアドバイスもいただければ…

申告は、定められた期間内に行えば、「延滞税」や「無申告加算税」、「重加算税」など余分な税金を払わなくて済みます。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2024.htm

なお、こうして作った明細書は、申告の際に提出する必要などはありません。
もちろん、領収証なども提出するものではありません。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm