通帳の磁気不良

他の方もおっしゃっていますが、専用の袋はただの袋ですから、磁気とかからは守ってくれません。

しいて言えばよごれ？からはまもってくれるかもしれませんが。
私がよく磁気不良になったときには、かばんが原因でした。
かばんの留め金がマグネットになっているやつがありますよね。あれに入れると磁気不良になります。全部じゃないですけど、マグネット同士の間を通ることになるので、ほとんどの通帳がアウトでした。

＞銀行でもらえる純正のケース(青くて2冊入るタイプです)に常に入れてあります。

銀行等でもらえる通帳ケースには、磁気対策は一切ありません。
ただの「ふくろ」です。

＞このケースにみずほ銀行と三菱東京UFJ銀行の通帳を入れ、別ケースに入れた郵便局の通帳を重ねて、更に市販の(安物です)ケースに入れて保管しています。

通帳を重ねても、私の場合なんら問題ないです。
（みずほ通帳＋その他銀行通帳）
考えられるのは、通帳入れ又は市販ケースが「静電気を帯びている」ではないでしようか？
人間が感じない程度の静電気でも、磁気テープに影響を与えます。

それと、「みずほ銀行だけ」というのも気になります。
自宅から「みずほ」「三井住友」「郵便局」に行く時に、「みずほ」だけ通路・かばん・移動手段など特別な事はありませんか？
「三井住友」「郵便局」の場合と比較すれば、原因がつかめるかも知れません。

質問者さんの保管方法で考えられるのは

　各銀行の通帳を重ねている点が気になります
　磁気が強い弱いは関係なく偶然に他の通帳と
　干渉してしまったのでしょう、
　一番多いのが、携帯電話と一緒にバックなどに
　入れると磁気不良になる場合があります。
　いずれの場合もすべての通帳がそうなるわけではなく
　偶然に磁気の波長が合ってしまた場合に起こります。

銀行でもらえる純正のケースには、磁気を守るような機能はないでしょう。

なので、それを信用するのは間違いです。
あまりいろいろな通帳を重ねるのはどうかと思います。
それ以外に、なにか近くに磁気を乱すようなものはありませんか？
時計とかテレビもNGですよね。
そのようなものと一緒においていませんか？