資格外活動許可 vs 変形労働時間制

入管法と労基法の関係についてご質問させてください。

「普段、変形労働時間制に基づき１日８時間を超えてアルバイトに従事する留学生は、夏休みに入った途端、資格外活動許可に基づき１日８時間を超えて働けなくなってしまうのか？」

１．
私の働いているヘルパー事業所では、重度障害者のお家での泊り込み介護など、連続長時間にわたるサービス提供を行う必要から、「１ヵ月単位の変形労働時間制」を採用しています。たとえば、
■夜勤の日は２１時～翌９時の１１時間労働（休憩を除く）
■でも、日勤の日が５時間労働だったり、出勤日が週３回だったりするので、週平均の労働時間は４０時間以下
という具合です。

２．
今、ヘルパーのアルバイト募集に留学生から応募がありました。資格外活動許可を得ているそうなので、この方は週２８時間まで働けます。たとえば、この方に夜勤介護に専従してもらおうと考えると、「１１時間×２回＝２２時間」ならＯＫということになると思います。

３．
ところが、留学生が通う大学が夏休みに入ってしまうと、アルバイト従事時間の規制が「週２８時間以内」から「１日８時間以内」へ変更されるので、８時間を超える夜勤介護に従事できなくなってしまいます。
http://www.immi-moj.go.jp/tetuduki/zairyuu/shika …

４．
そもそも３．は「夏休み期間中なら普段よりもアルバイトの時間を増やしても良い」という規制緩和の趣旨だと思います。しかし、それが変形労働時間制と組み合わさると、かえって規制が強化されるという逆効果が生じてしまいます。

５．
そこで入国管理局のインフォメーションセンターに電話してみたのですが、「法文上、そういう書き方になっているからしょうがない」と言われました（ただし、担当してくださった職員さんは労基法のことはぜんぜん知らないので「変形労働時間制ってなに？」という具合でした）。

なんだか非常に矛盾を感じてしまうのですが、やはりこの職員さんの仰るとおり「夏休みに入った途端、１日８時間を超えて働けなくなってしまう」のでしょうか？　よろしくお願いします。