ロストバッゲージを避けたいのですが・・

過去にそうやって荷物を預けなおした経験や見聞きした事はたくさんありますよ。

JL-AFならそこそこありえそうですね。
JL-AZならかなり高確率でしょう。

預ける場合　一泊目、二泊目のホテル名・住所のタグをつけるぐらいでしょう。
預ける荷物に日本語シールなどあるとその手の輩が目をつけます。
チケットにより経由地で途中降機（一旦入国）できない航空運賃を使っている航空券もありますので注意しましょう。

ＣＤＧ乗り継ぎは確率の高い事は確かの様です。

（グランド・ハンドリング会社の突然のストなど。友人にもけっこういました。）
これを避ける意味でパリで一旦引き取り、再度預けた方が安心かも知れません。
キャビン持込は、安全上、制限があったはず。

皆さんのアドバイスとはちょっと違うのですが乗り継ぎが２時間半しかないので全ての荷物を手荷物にした方がいいかもしれません。

以前シャルルドゴールからローマに乗り継ぐのに１時間４０分の乗り継ぎ時間だったのですが、添乗員さんに「申し訳ありませんが皆様走って下さい」と言われドタバタ大移動しました。シャルルドゴールは広かった！
今回の場合それよりも１時間多いので大丈夫かとは思いますが飛行機が遅れてしまうと大変です。
全て手荷物にしてしまうと液体物の小分けが大変だと思います。頑張って下さいね。

＞パリで一旦通常通り入国、その後一度荷物をピックアップして

＞再度チェックインカウンターで預けなおそうか迷っています。
＞このような面倒なことされた方いらっしゃいますか？

　海外へは平均年１回程度で、それほど高頻度でもないのですが、ロストバゲージは２回経験しています。
　そこで、最近は、面倒でもすべて、ご質問のように預け直しています。そのため、乗り継ぎも、ある程度の余裕を見ています。預け直すようにして以後は、まだロストの経験はありません。まあ、これも絶対ではなく、たまたま、なのでしょうが。

　最近、荷物をスルーにしたのは、一昨年の、グダンスク→ワルシャワ→パリでした。この時も、預け直す予定だったのですが、グダンスク空港のカウンター氏がスルーにするよう勧めた上、利用便が両方ともポーランド航空、しかも、ワルシャワ空港は規模がそれほど大きくなく、まあ大丈夫だろうと踏んだからです。この時は、ワルシャワで、ターミナルビルの窓越しに、自分の荷物が確実に運ばれていくのを見て、安心しました。

　ただ、乗り継ぎが２時間半だと、ＪＬが少し遅れると、かなりぎりぎりになってしまうかも知れませんね。

残念ながらヨーロッパ域内直行便（乗り換え無し、ヨーロッパ内の片道フライト）でも数度、ロストバゲージを経験しています。

絶対に、ロストバゲージをしない方法となると、荷物をチェックインしない、ということしかないと思いますよ。
数十万円の超過料金を支払って、荷物をすべて機内に持ち込んでいる人もいるようです。