ガタカの最後のシーンのお医者さんが・・

>以前何かで実は『医者はユージーンの父親だった』、というのを聞いた事がありますが、なぜそれがわかったのでしょうか？

医師が誰かの父親だったとう話は出てこなかったと思います。
医師は、最後に自分の息子は不適格者だと言っているわけで、
適格者のユージーンの父親ではないわけですよね。

＞『医者はビンセントの父親だった』、かも知れませんが、

冒頭のビンセント出産のシーンでも、ビンセントの両親が
医師に相談していたわけで、自分が医師なら相談する必要も
なかったと思います。
ビンセントのお父さんは、眼がねをかけていましたから
不適格者で、あそこで医師として働けるわけがないわけです。




＞「息子は君のファンなんだ。」というくだりがあります。

途中の健康診断でも同じ事を言っていますよね。
最初は、適格者の宇宙飛行士としての君の
ファンなんだという意味合いで言っていたのが、
見逃してきれた後に、息子が不適格者と言うせりふがあって、
それで何で見逃してくれたか分かった・・・と言う意味だけ
だと思いますが。

>以前何かで実は『医者はユージーンの父親だった』、というのを聞いた事があります

少なくとも映画の中ではそういった描写はなかったとおもいます。
またkogitaさん自身が感じたように、そういった設定にはとても無理があるのではないでしょうか。
医者とのやりとりは最後の山場であるとともに、直接語られることはなかった掃除のおじさんのことも合わせて、実はたくさんの人がビンセントの挑戦を応援してくれていたということを示しているとおもいました。
医者については息子の可能性を仮託しているというだけで十分です。

ガタカは素晴らしい青春映画だとおもうので、そういう設定は（あったとしても）いらないな、というのが正直なところです。