請求書の出精値引ってありえるの？

まずはお詫びを。

「電話口」としてしまいましたが、「メールで」とお書きになっていらしたのを見落としていました。ごめんなさい。酔っ払い状態で飛ばし読みをしておりました。

さて、前任の方のマニュアル納入は今回のお客様へ納入した、ということでしょうか。また、そのマニュアルと今回のkissthisさんの納入物とは、関連性の高いものでしょうか。
仮に前任の方がそのお客様へマニュアルを納入してあり、今回の納入物についてもそのマニュアルで代用できるようなものであったならば、減額幅を小さくするよう交渉しても良いかと思います。（例えば、「当方で調査いたしましたところ、前任の納入したマニュアルで一定程度対応できることが判明いたしました、つきましては・・・」などとやってみるとか。）

合意書面については、フリーな形式で大丈夫だと思います。合意日、双方の住所・氏名（法人なら所在地・名称・代表権を表す肩書き・代表者の氏名）、合意した内容その他必要と思われる事項を文字化しておけばいいでしょう。何を記載しておくべきかについては、覚書などが参考になるかと思います。なお、印紙が必要となるかもしれません。この点にもご注意ください。

全体を拝見して、なかなか大変な立場に置かれているのだな、とお察しいたします。

マニュアルが無かったのがkissthisさん側の落ち度であるか、またはどちらの落ち度でもないけどもマニュアルを納入するのが一般的であれば、納入物の一部を納入しなかったことによる対価の減額でしょうね。

ソフト開発において、値引き額の相場は特に無いように思います。ただ、電話口であれ「２万」と伝えてしまった以上は、２万円減額して請求（ただし２万円減額で合意したことを表す書面を別途入手）するほうが筋が通るように思います。

補足の件です。

基本的には、見積書からの値引ですが、私の仕事の建築界では、間々あります。
見積書の作成には、最悪を想定して気を使って書かないと大変ですね。
参考まで

すみません！

最後の部分を書き違えていました。
訂正します。
入金した時点で
預金または現金１００，０００／１００，０００売掛金
これが正解です。

マニュアル不足ですか！

手落ちでしたね。
出精値引額としては、マニュアル本分とマニュアルの代わりにおこなう取扱い指導分でしょう。
となると値引相場は、２～３割引きが妥当とすれば
３０，０００円引き
請求書額１３０，０００円
出精値引　３０，０００円
計　　　１００，０００円
と予想されますね。
振り替え伝票は、
売掛金１００，０００／１３０，０００売　上
売上値引３０，０００／
計　　１３０，０００／１３０，０００
となるでしょう。
入金した時点で
売掛金１００，０００／１００，０００現金または預金（普通、当座）
ご参考まで