2つめＭＴのＵＲＬを　http://○○○.comで表示させ　管理ページをhttp://○○○.com/□□□に設定したい

＞どちらにしても安全性等に問題はないですか?

別のサーバーですが、私は実際に(2)の「サイトＵＲＬをhttp://○○○.com」の方法でやっています。問題はないと思います。

＞あるＭＴ追加設定マニュアル
どこのでしょう？
XサーバーのMovabletypeインストールマニュアル（http://www.xserver.ne.jp/support/support3p-30.html）には、
サイトURL「http://sample-user.xsrv.jp/mt/」
サイトパス「 /home/sample-user（ユーザID）/sample-user.xsrv.jp(お客様のドメイン名)/public_html/mt/」
となっているのですが…
ですので、サイトURLをhttp://sample-user.xsrv.jp/としたい場合、サイト・パスは/home/sample-user（ユーザID）/sample-user.xsrv.jp(お客様のドメイン名)/public_htmlでいいと思います。

＞(2)　『できない』　と思っていたら　こちら
＞MT3.2をインストールしたフォルダ名を表示しないと、サイトが反映されない
その質問の回答にもあるように、index.htmlはMovabletypeが自動で作ります。index.htmlを作る場所の指定はサイト・パスで設定します。サイトURL「http://sample-user.xsrv.jp/」にしたかったら、サイト・パスは「 /home/sample-user（ユーザID）/sample-user.xsrv.jp(お客様のドメイン名)/public_html」にしなければいけない、ということです。

でもって今Movabletypeがインストールされているディレクトリは別ドメインのディレクトリ内のようですから、「(1)サイトＵＲＬの注意書き」は気にすることはないと思います。

っていうか余談ですがXサーバーのマニュアルの設定の方が、Movabletypeをインストールしたディレクトリ下にindex.htmlを作ることになっているように見えるんですが…気のせい？←とりあえず質問者様の例とは違うと思いますので、気にしなくていいです。

他のサーバーでは、cgiを入れるディレクトリが決まっているか、あるいは自分でcgiディレクトリを作成して、その中にMovabletypeをアップするんですね。で、cgiディレクトリとは別のところにindex.htmlができるように、サイト・パスを設定するのです。Movabletypeのcgiとかが入っているディレクトリ名を間に通しているパスになっていなければ大丈夫、ということなのですが…わかりづらいでしょうか。上手く説明できなくてすみません(^^;

#1です。

失礼しました、独自ドメインはもう使えているのですね。

xサーバーの設定ではマルチドメインの場合のディレクトリ構成は
追加ドメイン名/public_html/（/home/peihei/○○○.com/public_html）

今はここにhttp://○○○.com/で接続するためのDNSが振られていると思うので、この設定を変えてもらう（/home/peihei/○○○.com/public_html/□□□ にhttp://○○○.comのDNS設定）かでもしないことには、お望みの「□□□ディレクトリで管理」（/home/peihei/○○○.com/public_html/□□□をサイトパスに設定）するのは無理だと思います。

□□□ディレクトリで管理する、という意味がわからないのですが…特に重要でないなら、□□□ディレクトリを使わず、/home/peihei/○○○.com/public_html直下に置く（5）が一番手っ取り早いと思います。

を/home/peihei/○○○.com/public_html/□□□がブログディレクトリとして、設定しているのですから、http://○○○.com/□□□西内と表示できないのは当然ではないですか？

http://○○○.com/で表示させたかったら、サイトパスはを/home/peihei/○○○.com/public_html/にしなければダメだと思いますが…。

＞(4)サイトＵＲＬを　http://○○○.com/□□□　にすると見れます

ということなら、DNS設定の問題のような気がします。

http://www.xserver.ne.jp/support/support3h-30.html
http://www.xserver.ne.jp/support/support3hb-30.h …
ドメイン取得→DNS設定→MT設定、という流れになるはずですが、ネームサーバー（DNS）の設定はされましたか？
もしくは、設定完了からどのくらいの時間が経っていますか？DNSが浸透するまでには通常24時間～48時間かかると思いますが…

＞サイトＵＲＬの注意書き
＞サイトパスの注意書きに
MTのシステムが入っているディレクトリの中にindex.htmlを入れないで、という意味です。要は「サイト・パス」がMTのシステムとは別になっていればOKです。