音楽ファイルのｍｐ３とｍ４a違いとは？

おっしゃる通りどちらとも音楽のファイル形式です。

ただ、気を付けるべき点はmp3もm4aも不可逆圧縮の音楽形式で
原音から音を間引いているということです。

圧縮していない、または可逆圧縮されている音楽形式(Flac, Apeなど)
についてはどの種類も音質は原音と同じで変わりませんが、
不可逆圧縮の場合は音の間引き方によって音質（と言うより音そのもの）
が変わってきます。

"音楽"CDにもとから入っているはCD-DAという形式です。

なぜ音楽を強調したかと言うとCD-ROMに音楽を入れても
CD-DAと呼ばないからです。(例外はあります。URL参照)
ただし、CCCD(コピーコントロールCD)は音楽CDですがCD-DAではないです。

よくCD-DAとWAVEを混同しがちですが、上記の通りCD-DAは
音楽CDの形式でWAVEは"Windows"の標準音楽形式です。
音楽CDをそのままWindowsに取り込むとWAVE形式(拡張子 .wav)
になるのでよく間違います。
Macに取り込めばMac標準のAIFF形式になります。

あと、音楽CDをドライブに入れてWindowsから開くと".cda"と
なっていますがこれは音楽CDの各トラックへの
インデックスファイル(目次のようなもの)なので音楽そのもの
ではありません。

技術的なことが知りたければURLを参照すると良いと思います。

参考URL：http://ja.wikipedia.org/wiki/CD-DA

M4A（MPEG-4 Audioのこと。

AACを指すことが多い）の方が圧縮率が良いと「宣伝されている」だけです。
MP3でも、LAMEというエンコーダーなら、AACに近い音質だと言われていますし、実際に聞き比べのテストでも、
点数的に若干iTunes AACの方が良いと出ていますが、大差はないという結果になっています。
http://www.listening-tests.info/mf-128-1/results …

ビットレートを下げた場合、AACの方が有利ですが、135kbps程度では差がそんなに大きいわけではなく、
200kbps程度に上げた場合はどのフォーマットでも聞き分けることは難しいと思われます。

AACとMP3の圧縮方法の違いは、下記サイトに表があるので参考にしてください。
http://www.mpeg.co.jp/libraries/mpeg_labo/winPC_ …

mp3は歴史が長い，つまり古い形式で，"MPEG1 Audio Layer-3"，Video CDの音声用に規格化

されたものなのに対しm4a」は"MPEG-4"形式です。後者の方が規格としても新しく，高圧縮
率でも劣化が少ないフォーマットだと言われています。