That’s very kind of you to say.

～ is kind of you

この表現は「～」が親切である（文法上の主語）と同時に you も意味的に主語となり、「人」と「行為」の両方が親切、結局「人」の「行為」が親切という意味を表します。「～」の部分には it を立て後に真主語の to 不定詞を置いたり、代名詞を置いたりします。
That's kind of you.
このように that を主語に立てた場合は that は全文の内容、会話では相手のしてくれたことや言ったことを指します。it と異なり後ろにある不定詞や that 節を指すことはできません。このような点から
2. That's very kind of you to say.
3. That's very kind of you to say so.
これらの that が不定詞を指すことは考えにくいことです。つまり、that = to say (so) とは考えにくく、不定詞は判断の根拠「～してくれるなんて」としか考えられません（例：You are very kind to say so. そう言ってくれてありがとう）。しかし２と３の文では問題が残ります。２では say だけなので「言ってくれて」としかならず、何を言ったのかが不明です。３では say so なので「そう言ってくれて」なので言った内容は分かるのですがこれは that「そのこと、そうしてくれたこと」と意味的に重なってしまいます。
実は自分自身 that で始まり、かつ to 不定詞を伴っている例を聞いたことはないのですが、会話においてはこのような形が現れるのかもしれません。つまり、It's very kind of you to say so. と That's very kind of you. が混じってしまうことは十分考えられます。また、That's very easy to do.「それはとてもやりやすい」のような表現（この that は文の主語でありまた、意味的に do の目的語でもある）が混じりこんでしまえば２のような形ができてしまうことも考えられます。

まったく自信はありません。

1. It’s very kind of you to say so.　この it は形式主語の it で、to say so を指しますよね。

2. That’s very kind of you to say.　この that は、to say の目的で、何がしかの相手の発した言葉を指すのでしょう。（い）の方だと思います。研究社の英和中辞典より that のたくさんの意味の中から、

2a [前に述べた名詞の反復を避けるために用いて] (…の)それ

この用法ではないでしょうか？

その例文→The climate is like that of France. 気候はフランス(のそれ)に似ている.



3. That’s very kind of you to say so.　この that は、it と似ていて、to say so を指し、相手の言葉をかけてくれた行為を指すと思います。

同じく研究社の英和中辞典より、

b [前に言及しているか，場面上了解されている物事をさして] そのこと.
この意味で捉えて、その例文として、

That will do. それで間に合う 《よろしい》 ; もうやめなさい, いいかげんにしなさい.
(Is) that so? そうですか.
That's all. それで全部だ; それだけのこと.
It is that. ＝That it is. そのとおりだ.
That's it. (ああ)それだ, そのとおり, そこだ; それで全部です; それでおしまいだ.
That's about it. まあそんなところだ.
That's right [so]. それでよし, はいそうです, そのとおり.
That's how it is. それが事実だ.
That's what I want to say. 私の言いたいのはそういうことだ.
That's what it is. それが理由だ.
That'll be [That comes to] ten dollars. 10 ドルいただきます 《★商人が代金を請求する時などの言葉

ということで、文尾に so がつくのとつかないのでは、大きな違いが出ると思います。なんか余計な説明が多すぎますかね？ちなみにこの so は、say を修飾する、副詞ですよね。「そんな風に言う」ということですね。