父の土地を売る場合にかかる税金

ご質問の場合どちらでも父から子供への贈与になるので、父の年齢が６５才になっていないことから単純には相続時清算課税制度は適用できませんので、親の年齢要件がない住宅取得特例を使う方向になります。

＞1.父名義から→私名義に名義を変更してから売る
このケースだと住宅取得特例を使うためには売却と取得のタイミングを合わせにくいので相続時清算課税制度の住宅取得特例を使うのがかなり難しいです。また特例の非課税枠１０００万も使えないというデメリットもあります。
更に言うと土地贈与に伴い登録免許税がかかります。

>2.父名義のまま売りに出して、売れた場合に税金（譲渡所得税？）など必要な額を引いて残った分をもらう。
制約条件を考えるとこちらの選択しかないでしょう。

１番と２番での税金の違いを考えても１番は贈与の登記があるため２番より費用がかかります。
（ただ状況によっては２番でも必要な可能性はありますが）

さて、２番を使うにしても、贈与の時期が問題になります。
相続時清算課税制度の住宅取得特例では、

Ａ．贈与の資金が建物購入（建築）資金、または建物取得と共に取得する土地資金に使われること
Ｂ．贈与してもらった翌年３／１５までに居住し、確定申告をすること

という要件があります。ここでネックは要件のＡです。
建物取得と共に取得する土地とはなにかといえば、一つの契約で土地取得と建物取得がなされるような場合ということなのです。
　・建売住宅
　・マンション
　・中古住宅
　・建築条件付宅地
はこれに該当します。

しかし、単純に土地を購入して建物を建てるということだと贈与してもらった資金を土地に使うことは出来ません（使っても特例が使えない）
従いまして、贈与資金を建物に使い、土地取得では贈与資金を使わないようにしなければなりません。
ただ土地購入－＞建物建築という場合で土地に贈与資金を使いたい場合、タイミングなどに気をつければ使えないことはありません。この場合には贈与してもらった年に土地資金に使うのと建物資金に使うのを同時に行うと、建物資金の方で特例を使い、その恩恵で本則の相続時清算課税制度が利用できるため、本則で土地資金贈与をしてもらうという形になります。
ただこれはその翌年３／１５までに居住して申告という要件があるのでややこしいです。

もし日程的に間に合わないようなケース（土地取得から建物完成までの期間が長いなど）だと、一度売却費用分だけ父親名義の持分登記で新しい土地を購入し、更に建築時に建築資金も幾らでも良いから贈与してもらい、特例を受て土地もあわせて贈与してもらうというやり方が考えられます。

具体的な日程やプランによりやり方が少々変わりますので良く考えて実行することが重要です。

相続時清算課税制度の仕組みや適用については事前によく税務署に確認してください。間違えるとあとで厄介ですから。

>年間で110万以内にして、分けてお金をもらえば贈与税がかからないという考えもありますか？

出来ないというわけではありません。ただ連年贈与の規定に引っかからないように注意が必要です。つまり初めから複数年に分割してもらうという約束は、その約束をした時点で一括して全額に課税するという規定があるので、数年間でその時々に思いついたかのようにランダム（金額、時期など）に１１０万以下の贈与をもらうなどのことをしなければなりません。

たとえば３００万であれば、１年目、３年目、４年目の時期もバラバラ、金額も適当という具合です。
定期的な贈与、一定額の贈与などは連年贈与ではないかと指摘されることになります。
（ただ現実には親が億万長者でなければ気にする必要もないのですが、トータル贈与金額が大きい場合は注意してください。）

相続時精算課税制度は１９年１２月３１日までの措置として、住宅取得等資金の贈与の場合は非課税枠を１０００万円上乗せして３，５００万円にするとともに、贈与者の年齢制限は設けないこととしています。

と、なっています。
　正しいアドバイスをしましょう。

＞私には妹も一人おります。

その場合、父の持分は自動的に私に相続とはならないのでしょうか？

妹さんも法定相続人の1人になります。
でも、法定相続人で協議し「遺産分割協議書」で、あなたの物とすることが出来ます。

＞2.父名義のまま売りに出して、売れた場合に

　税金（譲渡所得税？）など必要な額を引いて残った分をもらう。
（頭金や諸費用に当てたい）

２のパターンで現金を貰わすに、この現金をあなたの建物名義の父親の持分とする。
いわゆる、共有名義です。

根拠は相続税の建物は市町の固定資産税評価額を相続時の評価額としますので、実際に支払った額よりずいぶん安い額になります。
また、固定資産税は３年に一度評価替えにより、建物は減価（減価消極の意味）しますので、評価額が下がる場合があります。
なお、土地は減価はありませんし、相続税評価額は、市町の評価額に倍率を掛ける方式と路線化方式ですので土地に持分を付けるメリットはありません。
考え方
↓
http://www.taxanswer.nta.go.jp/4602.htm

国税局路線価
↓
http://www.nta.go.jp/category/rosenka/rosenka.htm

色々、記載しましたが、現行ですと、基礎控除（５０００万と法定相続人×１０００万）です。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/4152.htm
一般的に、普通のサラリーマンですと、この中に納まりますので相続税は心配する必要が無い場合が多いのです。

どちらの方法にせよ、父から子への贈与となり多額の贈与税がかかります。

親の財産を当てにしても、そう甘くはないですよ。

お父様にお金を払って現在の土地を買い、その後売却して新たな土地を買うか、お父様が 65歳になるのを待って「相続時精算課税」制度を利用するかどちらかです。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/4103.htm

税金について詳しくは国税庁の「タックスアンサー」をご覧ください。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/index2.htm