脳梗塞になり、病院で高気圧酸素治療

まず、かかりつけ医に再度よく話を聞いてみてください。

＞父は耳が痛くてしょうがないらしいのです
治療中は気圧を2～3気圧まで上昇させます。鼓膜に圧がかかるため、飛行機に乗ったり車で峠など高い場所に行ったときに耳がツーンとする、あの感覚になります。上手く「耳抜き」できる方はいいのですが、失敗すると痛みはかなり強くなります。

＞しかも治療で耳から血が出たみたいんですが
圧で鼓膜が破れたためと思われます。
小さな穿孔だと自然に治りますし、救急ではあらかじめ穴を開けてから治療する場合もあるので「よくある」といえばそうですが。。。ご本人はかなり痛いはずです。

今後も高気圧治療を続けるなら、
　・耳抜きの練習をする（おそらく最初にやっているとは思いますが）
　・耳痛緩和の薬を使う（座薬、静脈注射など）
　・耳鼻科医の診断を受ける
などの対策が必要ではないでしょうか。

また最近では、脳梗塞発生からかなりの時間（1週間以上）経っている場合は高気圧治療で目覚しい効果を期待するのは難しいと言われています。梗塞による症状が落ち着いているなら、何が何でも受けなくてはいけない治療ではない、、、と個人的には思います。このへんは医師の判断になるので面と向かって楯突くのも難しいですが。
お父様が一芝居うって「もうタンクには入りたくない～」と駄々をこねさせるのも手かもしれません。。。