フルコンピュータ名でないと名前解決ができない

簡単に言えば「名前解決できてないから」で、その原因は「マスタ

ブラウザがいない、もしくは機能していない」ということです。
現在の環境は下記のように理解しました。これを前提に考えます。

・ADドメインjf.co.jpのドメインコントローラには統合DNSが
　インストールされている。
・RED,BLUE,YELLOWの全てのPCは、DNSとして上記サーバのアドレスが
　設定されている。
・上記サーバは、RED,BLUE,YELLOWとは異なるセグメントに置いてある。
・もしくは上記サーバがブラウズマスタになることを妨げる機器がある。
・RED,BLUE,YELLOWは同じセグメントに存在する。


解決策はふたつあります。

1. RED,BLUE,YELLOWのいるセグメントのブラウズマスタを固定する。
どのようなコンピュータでも構いませんが、常に通電されていて止める
ことのないコンピュータが望ましいです。固定は、ここ:
http://www.monyo.com/technical/windows/msnet/msn …
注18の方法をまず試してください。
常に通電されていることが望ましいですがそれが難しいならば、
「他の機器(ネットワークHDDなどは特に)を常に通電しない」
「一番初めに電源を入れて(Windowsを起動させて)一番後に電源を切る」
を守る必要があります。

2. Yellow を同じドメインにする。
最も簡単なのは Yellow を同じドメインに加入させることです。
こうしておけばブラウズマスタを介在させずに名前解決が出来るよう
になります。
もしくは Yellow が jf.co.jp ドメインのものであるように設定します。
ドメインサフィックスが一致しているもの同士ならばサフィックスを
省略できる(のがWindowsの初期値)ので、jf.co.jp 部分を付けなく
ても勝手に補完してくれます。
「jf.co.jp ドメインのものであるように設定」とは:
「ローカルエリア接続」「インターネットプロトコルのプロパティ」
「TCP/IP詳細設定」「DNS」タブで、
・「以下のDNSサフィックスを順に追加する」を選択し、に「jf.co.jp」
　を追加する。
・この接続のDNSサフィックスに「jf.co.jp」と書き込む。

とりあえずこのふたつのいずれか(もしくは両方)を実施してみて、様子
を見てください。
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コンピュータ名での名前解決は

WINS か lmhosts で行うことが基本だと思うのですが。
同じローカルネットワーク内であれば、NetBIOS-over-TCP/IP (NetBT)　を使用する事で解決できないでしょうか。

ちょっとした疑問なのですが RED と BLUE と YELLOW は同じセグメントに存在するのでしょうか？

もし違うセグメントに存在している場合、DNS への問い合わせを行っていると考えられます。
DNS の登録で jp.co.jf の zone に RED が存在している場合、上記のような現象が起こる気がします。