インクルードはPHP?SSI?

負荷はSSIが一番低いです。

CGIとPerlを同じ物と考える方も多々いらっしゃいますが、同様にSSIは、PerlやPHPとは別物です。
負荷が高いのはSSI+Perl、SSI+シェルです
（SSI+C、SSI+Ruby、SSI+PHPなどの組み合わせはあまり聞かないので除外。
シェルの負荷がそこまで大きいとは思えませんが、SSI単体に比べればそれなりにありますので。）
今回のようなファイルを読むだけなら、ページ数やアクセス数が増えるほどSSIの方が良いと思います。

> （includeだけでなく他のことも対応しやすいですし…）
と仰るように、PHPにはSSI（mod_include含む）では出来ないことが多々ありますので、PHPの方が有利なこともあります。
アクセスカウンター（アクセス解析）なら
<img src="counter.cgi">、忍者ツールズ、google analystsのようなタイプならSSIやPHPに影響しません。
<!--#include virtual="counter.cgi" -->のタイプなら、
全面PHPにしてincludeやrequireか、むしろそのPHPファイルにカウンター機能を組み込む方が早いと思います（ベンチマーク取ってないのでわかりません）

どんな処理をどの方法で組み合わせるか、と言うこともふまえて考えてみてはいかがでしょうか。
検索やメールなどのフォームの送信結果ページなど、特定のページだけPHPにしても良いと思いますし。

> 外部化させるのに、PHPとSSIを使うのは、どちらが効率的なのでしょうか？
該当部分をコピーペースト（PHP関数やSSIコマンドに置換）するだけなので、どちらも変わりません。

> ちなみに、拡張子の変更出力は、通常のレンタルサーバーで一般的に許可されているものなのでしょうか？
プロバイダーに問い合わせてみて下さい。
.htaccessが設置出来れば、おおむね許可されていると見て良いと思いますが、.htmlをPHPで処理するなら、確認しておいた方がよいと思います。

なんかグダグダの文章になってしまいましたm(_ _)m

「外部化」というものが何をさしているのか、よくわかりませんが、

SSIは軽くないと言う印象をもっています。
著作権表示などの一部分でしたら、手軽に使えて便利かと思いますが、
一つのページに1000ページをincludeするとお考えでしたら、PHPをお勧めします。
（includeだけでなく他のことも対応しやすいですし…）

また、レンタルサーバーでの拡張子変更は、許可されているところは全体の半分くらいでしょうか？
たしか参考URLは使えた気がします。

参考URL：http://land.to/shiyou.php