中南米（グアテマラ・コスタリカ）に強い旅行会社を教えてください。

１番です。

>どちらの国がオススメでしょうか？

一般的な日本人であれば、グアテマラをお勧めします。
自然ツアーは、好きな人にはよいのですが、イマイチという人のほうが多いです。
蒸し暑いジャングルの中を、雨に濡れながらのトレッキングを好まれるのであれば、コスタリカも良いのですが。（９月のコスタリカは、雨季だと思いました）

ただ、アレナル火山観光はお勧めします。
目の前を真っ赤な溶岩流が流れて行く様は、爽快です。
ただし、火山活動の活発な時は、観光客が噴火に巻き込まれる事もあるとか。

グアテマラの場合、マヤ遺跡も良いですが、それ以上に現地人たちとのふれあいが楽しいです。
私の場合、アンティグアに２０間滞在しましたが、楽しくすごせました。
スペイン語が、多少できれば、より楽しく過ごせます。

アンティグアを拠点として、パナハッチェル、チチカスティナンゴ、ティカルに、現地ツアーを利用して行きました。
現地ツアーといっても、移動手段とホテルがセットになっているだけで、観光はほとんど個人で行動します。

コパンに行く途中、バス強盗にあい、手を縛られてトウモロコシ畑に転がされ、警官隊に救助され、パトカー先導でホテルに戻った経験もしました。
（現金以外の奪われた物は、保険がききました。）
現地の強盗は、抵抗しなければ、外国人は殺さないそうです。
物を奪っただけでは、警察が動かないのですが、殺すと警察が本気で動くからだそうです。

南米パック、という専門店がありますよ

あと、フリーウェイツーリストなんかも、結構強いです。

ホームページはわからないので
申し訳ないですが、検索してみてくださいね

日本発のツアーということでしたら、こちらはどうでしょうか。

http://www.natureworld.jp/

秘境手配を専門にしている会社で、中南米に限らず強いです。

以前私が使った旅行会社です。

コスタリカ観光
http://www.costarica.co.jp/crt/

ここは、コスタリカ政府観光局や、中米各国の国営航空連合（タカ）の日本事務所も同室しています。
（グアテマラ国営航空・コスタリカ国営航空もタカに参加しています。）

コスタリカやグアテマラの場合、日本からのツアーの場合、なかなか希望に合うものが見つかりませんから、航空券を手配し、現地ツアーに参加する事をお勧めします。

グアテマラ、コスタリカ共、旅行会社が多く、現地ツアーが沢山あります。
また、グアテマラのアンティグアには、日本人も沢山いますので、情報交換も可能です。

参考URL：http://www.costarica.co.jp/crt/