数社のブログでアフィリエイトするには

＞ＦＣ２で、たとえば、楽天のアフィリエイトをすることは可能でしょうか？

可能です
現在、私も楽天の商品を紹介していますので

＞楽天アフィリエイトは結構稼げるのですが、gooでやってるアマゾンは、全くお金が入ってきません。
本の紹介だったらアマゾンよりもA8.netで登録して楽天ブックスの本を紹介したほうがいいです
アマゾンのほうはＩＤ消してトップから入りなおす人が多いようなので・・・
＞無理でしたら、アマゾンをアフィリエイトするとしたら、今現在、gooでやってるので、アフィリエイトのバーナーをコピーして貼り付けるだけで
出来るのでしょうか？
それとも、FC２のブログも、アマゾンで登録しないと収入にならないのでしょうか？

URLの申請しなおしした方がいいです

＞またアフィリエイトするのに、いい方法が他にあれば教えてください。

私は、商品によってブログを別々にしています
使っているブログはＦＣ２でブランド・美容関連の紹介
アメーバで映画・ドラマの紹介
ライブドアでコミックの紹介
アセラ（ペットのブログ）でペット商品の紹介
ココログで電化製品の紹介
をしています

アクセストレードやリンクシェア、Ａ8、トラフィックゲート などに複数のＥＣサイトに登録するといいでしょう

楽天アフィリはたしかURL内にアフィリエイト関連のユーザー情報が入っているので、FC2等でも貼り付け可能です。

アマゾンの場合はURLに全ての情報が入っているのですが、アマゾン側に新しいURLの申請が必要なはずです。
その他のアフィリエイト(リンクシェアやバリューコマース等)は、サイトの追加申請をして、それぞれのサイト用のタグを貼る必要があります。

各社それぞれに取り決めがありますので、各アフィリエイトプロバイダーのFAQ等をご確認ください。