請求額と小額相違する入金時の処理

差し引いて入金があったりした場合、売上金額を減額することはダメ出しです（税務署が嫌がります）。

少ない場合は雑損（税理士によっては雑費）に多い場合は雑収入です。決算の最終段階では雑損と雑収入は相殺されるかと思います。
私はよく通販を利用していますが、大手の所になると「金額訂正不可」などの文字が良く見受けられます。多分、返品したりして勝手に相殺されると事務的なことが煩雑になったりするからだと思います。後から正しい振込用紙をお送りすることをされるようになれば、顧客の方からの訂正はなくなるような気がします。
金額の相違が多い人や毎回される方をピックアップされては如何でしょうか。手間はかかるかとは思いますが今後の参考のため、その方達の意見をお聞きになった方が良いと思います。少額とは言っても大事な収入源なのですから今のうちに手を打たないと大きく膨らむことになりますので。

再請求あるいは返金が正確な処理ですが、手数料未満の返金はかえって損になります。

少ない場合は、雑損／売掛金または売上／割引？
多い場合は、普通預金／雑収入？

正解です。