海洋学の学べる大学について

東京商船大学なんていかがでしょう？

参考URL：http://www.tosho-u.ac.jp/index.ja.html

下記URLで海洋をキーワードにして検索したところ17学科ヒットしました。

中には水産系の学科もあるようですが、北大、琉大など国立大が多いですね。
他にもparuruさんの意見を参考に系統からたどっていくと
海洋という名がついてなくても海洋学の学べる学科もあると思います。

参考URL：http://www.edunavi.net/gyakubiki/

海洋学、というのはその中でどういう分野について学びたいのでしょうか。

確かに東海大学海洋学部（http://www.scc.u-tokai.ac.jp/ocean/ocean-j.html）によると、日本で唯一の学部とあります。
ただ、この学部の学科を見ていると水産系、理学系、工学系などに分かれています。
kanaさんがしたい学問によって、他の大学の受験はもちろん可能です。
↓例えば、広島大学生物生産学部が見つかりました。
http://home.hiroshima-u.ac.jp/hubol/
↓東大にもしっかりありますよ
http://www.ori.u-tokyo.ac.jp/japanese/index.html
そこの大学に所属してらっしゃる教授により、海洋系を得意としている大学はかぎられてくるのでしょうが、たとえばご自分の興味のある分野の本を読んでみて、その本を書いてらっしゃる教授のいる大学を目指せば良いのでは？
私の先輩も理学部でペンギンの研究をされていましたし、工学部に行けば船舶の研究も出来ると思います。
進路指導の先生に尋ねたらいろいろ調べて教えてくださるかもしれませんよ。