同志社大学(工)と京都工芸繊維大学(工芸)・・・どっち？

これは、なかなか難しい問題だと思いますよ。

以下私見です。
まず、高校生諸君には馴染みがないでしょうが、京都
工芸繊維大学は、かなり評価の高い工学系単科大学で、超一流とは言わないまでも、レベルの高い大学だと私は考えます。関西だと、理系では神戸大、大阪市大より上だと思います。

一方、同志社大学ははっきり言って文系の大学です。また、国立と違って試験科目が少ないので、学生のレベルは文系ではかなり低い。また、理系は京大や阪大のすべり止めにもなっているので、学生の質は悪くないのでしょうが、まあ、研究自体は三流大学の部類でしょう。

と、これだけ見れば、圧倒的に京工繊で決まりのようですが、ところが、京工繊はとても地味な大学で、一般的な知名度はほとんどない。松ヶ崎を下を向いてもくもくと歩いている学生を見れば、一目で工繊さんとわかる。一方、同志社は全国レベルで名前が知られているし、割と派手でスマートなイメージの大学です。

たぶん就職だけ考えたら京工繊の方が圧倒的にいいでしょうけど（業界の知名度は工繊）、世間の知名度は同志社（ただし、工学部にブランド価値はないのですが。）。これが、話しをややこしくしてしまいます。阪大と同志社なら有無を言わさず阪大なんですけど、京工繊にちょっと抵抗あるのも気持ちはわかります。

難しいですね。実は私は現役のときは、京都工繊落ちたんですけど、一浪して阪大に受かりました。このような例もあります。（ただし、私の場合、京都の公立高校で、高校時代はほとんど勉強していなかったので、浪人して飛躍的に学力が伸びたというのもあります。）

合格おめでとうございます。

経済的なことであれば京都工芸繊維大学ですね。
ただ大学としては凄く地味なイメージです。
同志社だと学生数も多いですし勉強以外の面では充実してる部分があると思います。
就職はどちらの大学でもきちんと勉強していれば大丈夫だと思います。

あとは、自宅からの通いやすさとか、明日どちらの大学にも行って雰囲気を見て決めてもいいと思いますよ。

それぞれの大学でどのような研究がされているかを下のページで見てみてはいかがですか？

生化学に近いことなら京都工芸繊維大学のほうがあっているような気がしますが…
学費も安いし…

http://www.kit.ac.jp/03/03_010000.html

http://www.doshisha.ac.jp/research/

一般的には、工学系は国立の方が何かにつけて有利です。

まず、教員一人あたりの学生数が少ない（普通は１／２程度）ですので、行き届いた教育が受けられます。恐らくそれぞれの大学のページに教員リストがあると思うので、教員数で学生定員を割ってみて下さい。
設備も国立の方が良いでしょう。私立でも最近開設された学科だと設備が優れていることもありますが、化学系ではあまり期待できません。
また、化学では実験が付き物ですが、試験管やフラスコなどの消耗品、薬品などが大量に必要です。国立大では（十分とは言えませんが）研究費が私立より多いので実験面でも国立を選んだ方がいいでしょう。