フルメタルパニック

長編として

戦うボーイ・ミーツ・ガール
疾るワン・ナイト・スタンド
揺れるイントゥ・ザ・ブルー
終わるデイ・バイ・デイ　上
終わるデイ・バイ・デイ　下
踊るベリー・メリー・クリスマス
つづくオン・マイ・オウン
燃えるワン・マン・フォース

短編（学園ver）として
放っておけない一匹狼？
本気になれない二死満塁？
自慢にならない三冠王？
同情できない四面楚歌？
どうにもならない五里霧中？
あてにならない六法全書？
安心できない七つ道具？
悩んでられない八方塞がり？

短編（部隊ver）として
音程は哀しく、射程は遠く　フルメタル・パニック！－サイドアームズ－

があるわけですが
長編は、千鳥かなめを守る、巨大スケールで描くＳＦアクション・コメディ（シリアスばっかりだけど…）

短編（学校ver)は、千鳥かなめと相良宗介がおりなす（＋生徒会・クラスメイト）、学園コメディ。

短編（部隊ver）は、ハードな戦闘を繰り広げる長編メンバーの日常（コメディ主体）。

結局、長編一巻をまず読んで、設定を理解したら後は自由に読んでも差し支えないと思います。一番なのは発行順に読む事だと思います。ただ、長編と短編のギャップが激しいと思う人もいるので、その辺は注意が必要だと思います。