トヨタレンタカーとニッポンレンタカーどちらが良い？

以前ニッポンレンタカーでアルバイトしていた者です。

両者に特に大きな違いはありません。しいてあげれば、ニッポンＲの方がＡＮＡのマイルがたまる位でしょうか。また、元々ホンダ系列から誕生したレンタカー会社な為、最新のホンダ車に乗れるというメリットがあります。ですから、トヨタＲなら同様にトヨタの新型…といった具合です。
あと、ニッポンＲは２４時間開いている営業所が多いような気がしました。
アクセスしやすい場所で借りるとよろしいかと思います。

軽に関しては、最寄のトヨタＲ営業所の電話してみるといいと思います。現に、私も神奈川某所のトヨタレンタカーにてダイハツの軽トラックを借りる予定です（業務上どうしてもダイハツでなければならない理由があって…）。トヨタのサイトには掲載されておりませんが、一部地域では軽の用意もあるようです。

参考まで。
トヨタレンタリース神奈川
http://r-kanagawa.co.jp/
ニッポンレンタカー神奈川ディビジョン
http://www.nipponrentacar.co.jp/kanagawa/

　軽自動車をお考えなら、トヨタレンタカー以外の方が安いかと思います。

　確かにダイハツの軽自動車の取り扱いをする店舗は、ありますが、トヨタレンタカーの料金表には軽自動車の料金記載はありません。よって軽自動車と乗用車（Ｐ－1クラス）の料金が、同じになってる？ところがあります。
　他社は軽自動車の料金設定があるので、そちらがお勧めです。