「アスパラのベーコン巻き」はアスパラをベーコンで巻くのに、「牛肉のゴボウ巻き」は牛肉をゴボウで巻かないのは？

何に着目するかによると思います。

「アスパラのベーコン巻き」は、ベーコンで巻く料理のアスパラ版。巻くほうに着目名前。
「牛肉のゴボウ巻き」は、ゴボウを芯にした巻き物（一般に八幡巻きと呼ぶ）の牛肉版。巻かれるほうに着目した名前。

■巻くものに着目した名前
海苔巻き　海苔で巻いたすし。
昆布巻き　身欠きニシン・焼きハゼなどを昆布で巻き、軟らかく煮た食品。
玉子巻き　卵を薄く焼いてほかの材料をつつんだ料理。
紫蘇巻き　塩漬けのシソの葉で、梅干しまたは砂糖などで調味した味噌を巻いた食品。
笹巻き　　笹の葉で巻いたもの。
信太巻き　豆腐、肉、野菜などの材料を開いた油揚げで巻き、煮たり揚げたりした料理。

■巻かれるもの（芯）に着目した名前
鰻(う)巻き　ウナギの蒲焼きを芯にして巻いた卵焼き。
干瓢巻き　甘辛く味付けした干瓢を芯に入れた海苔巻き。
胡瓜巻き　キュウリをしんに巻いた海苔巻き。
納豆巻き　納豆を芯にした海苔巻き。
牛蒡巻き　ゴボウを芯にしてアナゴ・ウナギ・牛肉などで巻き、煮たりした料理。
八幡巻き　牛蒡巻きのこと。　
河童巻き　きゅうり巻きのこと。

■巻き方に着目した名前
砧巻き　かつらむきにした大根やきゅうり、薄焼き卵などで海老や鶏肉などを巻いた料理。
軍艦巻　すし飯の側面に海苔を巻き、すし飯の上にウニ・イクラなどをのせたすし。
太巻き　太く巻くこと。また、そのもの。のりまきなどにいう。
細巻き　細く巻くこと。また、そのもの。タバコ・のりまきなどにいう。
荒巻き　甘塩の鮭。北海道の名産。はらわたを抜き塩を詰めて作る。

■その他
鉄火巻き　鮪の赤身に山葵を添えて芯にした海苔巻きずし。
春巻き　　ひき肉・きざんだ野菜などを小麦粉の薄い皮で筒形に巻き、油で揚げた中国料理。


「～焼き」「～煮」「～干し」「～切り」など、他の調理法・料理名にも同じようなことがいえます。

余談ですが、「～油」も二通りがあります。
大豆油、綿実油、菜種油、オリーブ油…は素材。
サラダ油、天ぷら油、ミシン油、ベビーオイル…は用途。

巻物にかぎらず、メインの食材の方に「の」が付くのだと思います。

「アスパラのベーコン巻き」はアスパラが主役。
「牛肉のゴボウ巻き」は牛肉が主役。
「どじょうの柳川鍋」
「ほうれん草のゴマ和え」なんかもそうでしょう？