個人事業主がアルバイトした場合

個人事業で自分も同じ事がありました。

基本的に、アルバイトと個人事業の収入は別計算でやりましょう。
たとえ税金が引かれていなくてもアルバイトは「給与収入」として扱い、個人事業は「事業収入」と分けて確定申告しなければなりません。
ただし、アルバイトが「給与」として支払われなければ話は別ですが。
また、アルバイトの給与収入には給与所得控除が適用されますので、別で計算した方が税金はお得です。

アルバイト先には自分が個人事業主であり、自分で確定申告をする（年末調整は不要）事を告げ「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は提出しないのが良いとでしょう。
この申告書を提出しないと、どんな少額の給与でも所得税が源泉徴収されますが、確定申告の際に事業収入と合算し、それによって決定した納税額よりバイト給与の源泉徴収額が多ければ還付、少なければ差額を納税するだけで良いです。
逆に提出すると、月々の源泉徴収は少なくなりますが、事業収入と合算して確定申告する際に実際の納税額と源泉徴収額の差が大きくなる可能性がありますので、後で納税する所得税が多くなる場合があります。

個人事業主向けの書籍はいろいろとありますが、自分が手にとって分かりやすいものを１冊は読んでおくと良いかと思います。
インターネットも沢山経理関連のサイトがありますので、幾つか挙げておきます。
イージー経理　http://www.ezkeiri.com/index.html
Ａｌｌ　Ａｂｏｕｔ　http://allabout.co.jp/career/
みんなの.ｃｏｍ　http://minna-no.com/
経理初心者おたすけ帳　http://www.otasuke.ne.jp/
国税庁タックスアンサー　http://www.taxanswer.nta.go.jp/index2.htm

＞アルバイトをしようと思っているのですがこの場合税金の面で…

何も問題ありませんよ。
一人の実業家が、大きな会社を三つも四つも経営しているのはよくある話ですね。あなたもお店を二つ経営していると考えればよいのです。

そのアルバイト先からもらう給料が、源泉徴収されていなければ、そのままお店の売り上げに合算してしまいます。バイトのための経費などもお店の経費に合算します。

給料が源泉徴収されているなら、源泉徴収前の金額を申告書の「給与所得」欄に記入し、同時に「源泉徴収税額」欄にも記入します。
お店の収入が少なければ、バイト給与から源泉徴収された税金が返ってくることもあり得ます。

＞税金の勉強ができる書籍やら情報…

書籍は本屋さんや図書館に行けば、初心者向けから中級者向けまでいろいろあります。
ネットならやはり国税庁の『タックスアンサー』ですね。特に、「事業主と税金」のところです。

参考URL：http://www.taxanser.nta.go.jp/shotoku.htm